肛瘘的典型症状：反复自外口流出少量脓液，污染内裤；有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感。若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通。如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。
疼痛：瘘管通畅无炎症时常不感疼痛，只感觉局部发胀和不适，行走时加重。全身症状：在急性炎症期和复杂性肛瘘反复发作时，可出现不同程度的发热、或伴有消瘦、贫血、体虚等长期慢性消耗症状。排便不畅。
考虑是痔疮的表现，不是肛瘘的症状，尽量的吃一些清淡的容易消化的食物，多吃一些含粗纤维的食物，比如芹菜，茄子，豆角，菠菜，白菜之类的蔬菜，同时可以考虑口服药物软化大便，应该是能够慢慢改善症状的。
肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道。直肠内有一定的压力，将直肠感染物质如粪便、气体，可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发感染后由外口排出，也是造成瘘道的原因。
肛瘘症状周期性发作，时有时无，脓液较少，一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛，常有排便困难、狭窄、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等症状。继发感染时有不同程度的体温升高等全身症状。
肛门直肠四面脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发被传染多在肛窦。肛窦则是继发被传染的门户，反复被传染，产生瘘道。直肠内有一定的压力，将直肠被传染物质如粪便、气体，可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发被传染后由外口排出，也是导致瘘道的主因。