患有尿道畸形的人可能会增加排尿频率，或尿频，尿尿分叉等症状，尿道异常者必须及时到当地医院进行手术治疗。尿道畸形的人通常会影响尿道畸形。阴茎的发育导致阴茎发育短，并且还导致射精功能障碍，这会影响生育能力。
先天性心脏病复杂畸形可以手术治疗。这种先天性心脏病一般比较严重，手术复杂，治疗起来比较困难。但是现在医学较为，去正规的三甲医院心内科就诊，找出病因，明确诊断后，在术前由专业医生制定治疗方案，由有经验的医生来做，效果通常会更好。只要治疗得当，调理得当，还是可以治好的，一般不用过于担心，手术后注意做好调理即可。
先天性心脏病的最佳治疗时机一般是3-6岁，但是一定要结合到具体疾病、宝宝的具体情况决定。因为婴幼儿期病情进展很快，如室间隔缺损、动脉导管未闭等左向右分流的病例，很容易并发肺动脉高压，并发轻到中度的肺动脉高压的时候，可以争取手术治疗。
先天性多指畸形多发生在大拇指和小指上，这是遗传因素造成的。此项手术的关键在于术后的关节是否能够恢复正常。要实现术后功能的完整保存与重建。一般而言，儿童的年龄愈大，其组织发育愈好，其解剖学愈清楚，愈有利于外科治疗。因此，手术不能过早进行。另一方面，手术的时间越短，对保存的四肢的生长也就越有利。总之，最佳的手术时机是9个月到12个月。
如果患儿睾丸不能降至阴囊，则需在2周岁之前进行手术治疗。出生后如发现一侧或是双侧隐睾，可以给予绒毛膜促性腺激素皮下注射治疗。因为随年龄增大，睾丸的生精功能逐年减弱，至6岁基本没有生精功能了。
不严重的先天性心脏病是否用做手术需要根据患者的具体情况进行判断。
各种先天性心脏病的治疗方法也不一样，现在有手术修补、结扎、介入封堵等方法治疗。应根据病人的年龄，生长发育，症状，体征，心电图，心脏彩色多普勒和声学造影等来评价心脏异常的情况和种类，部位，是否影响心功能和其他心脏结构，做出全面的判断评价。有些先天性心脏病（如房间隔缺损），缺损口小于6mm可不用手术。
