如果结石比较少，也比较小，有咽部异物不适感，或常有气味臭的颗粒样物咳出，可到耳鼻咽喉科，让专业医生取出。如果扁桃体结石比较大，并经常性出现，或由于扁桃体结石存在，引起慢性扁桃体炎反复急性发作，需要行扁桃体切除手术治疗。
扁桃体结石可以直接张开嘴，打手电筒就能够看到，也可以去医院检查，明确有扁桃体结石，并且伴有异物感、嗓子疼痛不适，需要进行清理，将隐藏在扁桃体隐窝的结石，使用镊子夹取，但是很难能够彻底清理干净。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
清理扁桃体结石的方法可以通过漱口，或者通过镊子将扁桃体结石夹出来。大的扁桃体结石，夹不出来，就需要到耳鼻咽喉科门诊去取出来。需要注意口腔卫生，饭后多注意漱口，可以进一步预防扁桃体结石的，扁桃体结石还会经常出现。
扁桃体结石主要见于慢性扁桃体炎，部位一般位于扁桃体隐窝，检查可见扁桃，体隐窝内白色颗粒状物质，有的只有一个，有的有好几个。有些扁桃体结石不用处理，是可以自己掉出来的，平时可以多用盐水漱口。若是扁桃体结石引起不适的感觉，通过盐水漱口等方法不能掉出来的，可以到医院让医生用镊子夹出来，然后多用盐水漱口即可。
小结石可以用刮匙或者钳子取出，个别的可用负压吸引取出。比较大的结石，可在表面麻醉下切开黏膜取出，但需要防止坠入呼吸道。如果结石刺激引起周围的炎症，可以口服消炎类药物局部治疗。对于顽固性的扁桃体结石，保守效果不好，可以行扁桃体切除术。