对于甲状舌管囊肿或瘘管，外科手术完全清除是治疗的首要措施，因为囊肿和瘘管与舌骨之间的联系紧密，因此，为了避免再次发生。
建议患者在囊肿发生癌并合并颈部淋巴结，则需要进行颈部淋巴结清扫。手术后出现的病变为乳头状或滤泡状癌时，可应用甲状腺激素抑制剂。如果是鳞状上皮细胞癌，应在手术后进行放疗，避免病情反复。
甲状舌管囊肿做手术后2周左右可以出院，甲状舌管囊肿术后的饮食，没有特殊的要求，跟普通的手术是一样的。要求我们患者进食清淡的，比较软的易消化的高蛋白的一个饮食，来促进伤口愈合。
甲状腺囊肿是指在甲状腺中发现含有液体的囊状物，甲状腺囊肿通常没有症状，除非囊肿很大或囊肿内有出血的现象，这时可能造成一些压迫的症状，如疼痛、吞咽困难、呼吸困难、声音沙哑等。对于甲状腺病的治疗一定要选择正规医院，以免由于治疗不规范以及服务不周等原因，造成不必要的损害。不要吃刺激性的食物，比如葱姜蒜，香菜，辣椒，酒等和海产品比如鱼虾累等及具有发物的食品，多吃新鲜蔬菜水果，以清淡饮食为主。
三个月完全恢复。一般的需要卧床休息一周，卧床时间不宜过长，以后要逐渐增加活动量，3个月内禁止性生活，避免从事重活，避免劳累，多吃水果蔬菜，少吃刺激性及易产气的食物。
手术后可以洗澡的时间，要看手术的类型和伤口的大小。比如微创腔镜手术，由于手术切口比较小，洗澡的时间可以较早，腹腔镜胆囊切除术后1周可以洗澡，腹腔镜胃切除术后10天可以洗澡。普通的开刀手术，由于切口比较大，术后洗澡的时间要后延。
甲状舌管囊肿等，必须避免被传染，如反应分泌物，必须及时打扫干净，避免发生感染的状况，甲状舌管囊肿等，或建议尽早手术，特别是无感染时，此时囊肿和周边的分界比较明显，易于完整切除。
一旦发现囊肿内部存在脓液或积液时，需要立即进行清创处理，以免形成瘢痕而影响美观。甲状舌管囊肿等，又称甲状舌管痘，此种情况下的个别儿童，会并发情况，当出现感染以后，需积极的抗感染治疗，等感染得到控制后2~三月，然后再做手术。这样就能有效地防止再发。
由于感染期，囊肿和周围组织的界限不清，难以彻底取出，易导致手术后反复发作等问题，还有甲状舌管囊肿，切忌用手重复刺激，术前可对肿物完善超声检查明确诊断。再是对患者进行心理疏导，让其放松紧张情绪。
