做肠镜检查时管子是从病人的肛门部位伸进去的，在伸入时，出了羞耻以外，病人还会产生明显的便意，会想排便，肚子胀得难受。在管子进入拐弯的点时，还会感觉到肚子痛。做胃镜检查时管子是从病人的嘴里插入的，病人会觉得恶心，想吐，窒息，喘不上气。在做胃镜检查的过程中，病人常常忍不住的流泪，流鼻涕，流口水。
胃镜是要麻醉的。如果没有完全的代谢，很可能会造成呛咳、误吸，导致食品误吸。
1.在一般情况下，胃镜检查后2个小时内是不能进食的；
2.如果对麻醉药物过敏、代谢较慢的病人，一般要用3-4个钟头。
注意患者在进行吞咽的时候，不发生呛咳和喉咙发麻的情况下，是可以进食的。日常的饮食要有一定规律，戒烟戒酒，不要食用辛辣油腻的食品，要定时到医院做全面的体检。
相比胃镜，肠镜检查更加痛苦。一方面由于肠道走形更加多变，长度更长，因此检查所需的时间较胃镜更长，有可能需要半小时，而胃镜仅需要5-10分钟。另一方面在肠镜检查的过程中，还需要不断的注入空气或生理盐水，因此可能会持续出现腹痛、腹胀的情况。
胃镜和肠镜不是同一个仪器，胃镜一般直径较细些，大约0.8cm，肠镜直径粗些，一般1.0cm多些。胃镜和肠镜不但粗细不同，而且长度，消毒槽以及活检钳，检查室，包括检查目的和部位均不同。
一般来说，胃十二指肠镜是胃镜。具体分析如下：
通常情况下胃十二指肠镜也简称为胃镜，一般可用于对上消化道的观察，对病变程度进行准确诊断，甚至进行病理采样、息肉或早癌切除以及止血等操作。胃镜是临床上治疗肠胃疾病，所常用的方法，现在还分为常规胃镜，和无痛胃镜，患者可以选择无痛胃镜进行检查，避免出现因胃镜导致的不适。
无痛胃镜肠镜有危险，具体分析如下：
首先，就是麻醉的风险，虽然是速效麻醉剂，但如果用药不当，很可能会出现精神错乱、烦躁、缺氧缺血性脑病、植物状态、死亡等。另外，与普通胃肠镜相比，因为缺乏沟通，所以在手术中，肠镜会出现充气过多、进镜速度过快，从而增加肠穿孔和系膜的过度牵扯。这就要求有熟练的麻醉师和内窥镜医生配合，才能进行无痛胃肠镜检查。