通常情况下，治疗胃肠功能紊乱的方法主要是服用药物、自我调整、饮食改善等。具体内容如下：
1.服用药物：可以通过服用健胃消食片、吗丁啉等来促进胃肠蠕动，改善肠道功能，还可以服用一些调节肠道微环境的乳酸菌素片或益生菌颗粒。
2.自我调整：自我调整，或者是进行适当的身体运动，让自己的情绪得到舒缓，同时也不要让自己的心理承受过大的压力。
3.饮食调整：饮食调整一般是不能吃辛辣刺激性的食物，可以多吃一些有营养的羊肉。
肠道菌群失调是一旦机体内外环境发生变化，特别是长期应用抗生素，敏感肠菌被抑制，容易引起菌群失调。
肠道菌群失衡是因为多种因素引起的，造成肠道内各个微生物的失衡。正常的肠道由乳酸杆菌、大肠杆菌、类杆菌等按一定的比率构成。肠道的消化不良、肠道炎症、受凉等有害菌的数量会随着体内内外环境的改变而降低，从而影响肠道的吸收。
功能性胃肠功能紊乱可能是饮食不规律等导致。
一般情况下，功能性胃肠功能紊乱各个年龄段的人都会出现，只要存在致病因素，即可出现胃肠功能紊乱。可以通过胃镜、肠镜、等检查，排除其他疾病后，可诊断胃肠功能紊乱。
平时要注意保证充分的休息，避免过度劳累，不要进行重体力劳动或者剧烈运动，饮食以清淡为主，有利于身体健康。
胃肠功能失调是一种广泛的疾病，需要针对病因进行针对性的治疗。如果是胃粘膜糜烂、消化性溃疡等，可以服用达喜、硫糖铝、莫沙比利、西沙必利等胃粘膜保护药物。但如果是幽门螺旋杆菌感染，出现胃疼、胃胀等症状时，可以服用奥美拉唑、阿奇霉素等。如没有发生呛咳等不适,可以食用流质、半流质的易消化食物。如面条、小米粥等，可以更快的消化。
肠道菌群失调症的表现有很多，具体分析如下：
人体的肠道中含有大量的微生物，这些微生物被称为肠道菌群，它们是维持肠道微生态平衡的重要组成部分。如果肠道菌群失调，会导致腹痛、腹泻、腹胀、恶心、呕吐、便秘等症状。根据病人的情况，会有不同的表现。如果是轻度的，则仅有轻度的大便不正常。严重的还会出现肠炎、溃疡性结肠炎等症状。这种病人可以口服双歧杆菌、酪酸梭菌、枯草杆菌等肠道的益生菌。
及时发现菌群紊乱是正确、有效的治疗的先决条件。细菌病的诊断由以下三个方面组成：
1、有无菌状态；
2、菌群失调；
3、引起菌群紊乱。
菌群紊乱的病人，往往会出现严重的痢疾或长期的痢疾，在使用抗生素时，如果出现了腹泻，或者本来的腹泻情况更加严重，就有可能是菌群失调。
菌群失调可以分为三个级别：
轻度（轻度）是一种可逆性的轻度菌群失调，在排除病因后，病情会逐渐好转，症状也会逐渐消失。
Ⅱ级（中等）菌群紊乱严重，清除原因往往无法复原，且多有慢性肠炎；
中度（重度）菌群失调，主要表现为细菌的交替和二次感染。通过对粪便特征的全面的分析，可以发现志贺菌、沙门菌、空肠弯曲菌、艰难梭菌、轮状病毒等具有特异性的诱发因素。