川崎病患者大多有较好的预后，部分患者能自行康复。不典型的川崎病，最大的危险在于它会导致冠状动脉的扩张，如果不是这样的话，它是可以自行愈合的。不典型的川崎病也可以通过适当的治疗来恢复。
但也有少数儿童，出现冠状动脉瘤的几率在15-30%之间。要是冠状动脉瘤出现了破裂、血栓、心肌炎之类的情况，那可是要人命的。甚至在康复期间，还会因为缺血性心脏病而突然死亡。如果能够及时发现非典型川崎病，可以在急性期给予阿司匹林或丙种球蛋白等药物，预后较好。
儿童不典型川崎病一般不会自愈。
儿童不典型川崎病一般在临床上可能没有明显症状，此时一般不易被发现，可能会导致病情延误，而病情延误可能会导致病情进一步加重，使患儿错过最佳治疗时机，可能会出现多种并发症。所以儿童不典型川崎病一般不会自愈，需要及时进行治疗，一般可以在医生的指导下及时确诊，进行积极治疗，有效控制病情，避免引起冠状动脉的病变，降低并发症的发病率。
肺部不典型腺瘤样增生属于肺癌的癌前病变形式，体积较小，一般可以在做肺部CT扫描时被发现，呈现磨玻璃状结节样。患者可以按照医生的安排做随访复检，需要及时的做病理检查，确诊后进行微创切除治疗。
类癌从字面意思上是类似癌症但不是癌症，介于良性和恶性之间的肿瘤，虽不是癌但有癌变的倾向。类癌好发于胃肠道，气管及支气管也会发生。类癌因恶性程度低，生长缓慢，所以预后较好。癌是恶性肿瘤，引起恶液质，发生远处转移，预后差。
甲状腺滤泡上皮不典型增生，若甲状腺功能正常只需要进行观察，甲功异常时需要对症用药。
甲状腺滤泡增生是一种非毒性甲状腺肿，其原因主要是甲状腺分泌不足，TSH分泌增加，引起甲状腺滤泡增生肿大。在医生的指导下可以服用抗甲状腺激素减少甲状腺滤泡上皮细胞分泌的激素。尽量少吃含碘食物，减轻甲状腺功能亢进对患者生活的影响。其次，甲状腺滤泡增生应排除甲状腺炎、甲状腺乳头状瘤等可能性。细针穿刺，吸附细胞学检查明确病因，可进一步治疗。到医院行甲状腺功能检查，如有滤泡增生，一般需考虑手术治疗治病，常规药物疗效不太理想，需切除手术。
