肛瘘必须手术治疗，根据肛瘘的复杂程度手术的方式也不同。吃消炎药、坐浴等方法对肛瘘的肿痛、流脓症状有一定的缓解作用，但不会根除。平常要注意尽量规律饮食，多吃蔬菜水果，避免吃辛辣刺激的食物，避免出现便秘的情况。
肛瘘的病人在手术以后，如果创面已经完全愈合，3周以后可以少量饮酒。远离烟酒的环境，因为常年的饮酒会导致直肠肛管局部血管扩张，也不利于肛瘘这种疾病的恢复，并且还会诱发痔疮的形成，而痔疮的病人反复发作也会导致肛周的感染，甚至出现肛腺的感染，是肛瘘形成最主要的原因，所以说对于肛瘘的病人手术以后不要饮酒。
电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。冷冻治疗，适用于低位单纯性肛瘘的治疗，是利用液氮使瘘道发生凝固性坏死。继而脱落，形成新的创面而自愈。
10天-15天可以治愈，冷冻治疗，适用于低位单纯性肛瘘的治疗，是利用液氮使瘘道发生凝固性坏死。继而脱落，形成新的创面而自愈。电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。