先天性心脏病的最佳治疗时机一般是3-6岁，但是一定要结合到具体疾病、宝宝的具体情况决定。因为婴幼儿期病情进展很快，如室间隔缺损、动脉导管未闭等左向右分流的病例，很容易并发肺动脉高压，并发轻到中度的肺动脉高压的时候，可以争取手术治疗。
不严重的先天性心脏病是否用做手术需要根据患者的具体情况进行判断。
各种先天性心脏病的治疗方法也不一样，现在有手术修补、结扎、介入封堵等方法治疗。应根据病人的年龄，生长发育，症状，体征，心电图，心脏彩色多普勒和声学造影等来评价心脏异常的情况和种类，部位，是否影响心功能和其他心脏结构，做出全面的判断评价。有些先天性心脏病（如房间隔缺损），缺损口小于6mm可不用手术。
先天性肾囊肿不严重。是肾脏一种先天性异常。双侧肾脏披髓质均可累及，但在程度上可不同。先天性肾囊肿瘤病的病因是基因缺失。婴儿型先天性肾囊肿瘤病是常染色体隐性遗传。
如果患儿睾丸不能降至阴囊，则需在2周岁之前进行手术治疗。出生后如发现一侧或是双侧隐睾，可以给予绒毛膜促性腺激素皮下注射治疗。因为随年龄增大，睾丸的生精功能逐年减弱，至6岁基本没有生精功能了。
小孩隐睾必须在两周岁内手术。因为两周岁后的隐睾，会发生不可逆转的病理改变。会影响孩子发育及生育能力，隐睾会发生睾丸癌，还容易发生睾丸扭转。尽量选择腹腔镜手术来治疗小儿隐睾，因为腹腔镜手术是属于微创手术的一种，手术对宝宝的伤害比较小，痛苦程度低。
儿童包茎是由包皮尿道外口狭窄引起的，这导致包皮不能向上暴露龟头。是一种先天性疾病，也是小儿外科常见疾病之一。手术治疗可以是学龄前5-6岁。手术方法是包皮环切术。一般的两种手术方法是传统包皮环切术和包皮环切刀包皮环切术，需要根据儿童的特点进行选择。
