疾病治疗起来确实比较困难的而且时间长。精子畸形率高是由感染所引起的，那一定要对症进行抗炎的治疗。由内分泌异常所致者，则给予内分泌功能调整，对比较严重的病人应考虑手术治疗。应该根据引起畸形精子的起因，并且消除不良因素，针对病因进行针对性治疗。
精液中出现大量畸形精子反映睾丸有异常；某些药物可以使精子畸形率上升；精索静脉曲张可以导致畸形精子增加。大部分都可能和自己所处的环境、和有炎症有关系，需要治疗不然会影响生育了。
也许是因为我喜欢在饮食中吃一些烧烤或油炸食物，或者我喜欢喝。也可能是缺乏营养，缺乏锌，硒和长期吸烟和饮酒。还有电子产品的辐射，阴囊温度过高，精索静脉曲张。男性泌尿和生殖系统中的某些感染也是男性精子异常的重要原因。影响精子异常的常见感染包括前列腺炎，精囊炎，尿道炎，睾丸炎和附睾炎。
起畸形精子的原因有很多，因此畸形精子症的治疗要消除不利因素（药物、放射线、高温、酒等），针对病因进行治疗。由生殖道感染引起畸形精子症的，可进行抗炎治疗；由内分泌异常所致畸形精子症，则给予内分泌功能调整；对精索静脉曲张引起畸形精子症的，应考虑手术治疗。畸形精子如超过70%，应进行染色体检查，如有染色体病，则治疗困难。
精子畸形只是形状不正常，影响受精能力，精子内在质量才是影响胚胎质量和流产的主要因素。单纯精子畸形率高不会导致流产率和胎儿畸形率升高，但是部分畸形精子症病人存在精子DNA碎片率高、染色体异常等疾病，才会造成流产率和胎儿畸形率升高。