临床上引起男性阴茎短小的原因有，促性腺激素分泌不足的性腺功能减退、促性腺激素分泌过多的性腺功能减退、原发性小阴茎。对于前两种是可以通过激素调整的，但是对于激素调整不成功的，只能是通过外科手术了。
促性腺激素分泌不足的性腺功能减退。脑组织结构异常：无脑畸形患儿无下丘脑分泌功能，即使脑垂体发育正常，由于无促性腺激素释放激素，致使睾酮分泌少，造成小阴茎。先天性脑垂体不发育，部分脑胼胝体发育不良导致的下丘脑功能障碍，枕部脑膨出伴运动失调的小脑畸形等脑中线发育基因异常。均因促性腺激素分泌不足而引起小阴茎。此外还导致其他系统的多发畸形。
过度的肥胖问题出现了阴茎的短小，在降低体重之后，阴茎的长度会出现一定的好转。平时一定要注意适度的锻炼身体，积极的降低体重，必要的情况下可以进行皮下脂肪的吸取。平时注意减少油腻食物的摄入。
阴茎的大小与其营养也有关系，体格健壮，身材高大的男性，阴茎的发育情况比较好，阴茎会显的粗大。但是阴茎的大小不会与其身高成比例的。很多肥胖的男性的阴茎看起来要比一般男性阴茎短小，这是因为一些小腹部、耻骨联合部、会阴部脂肪丰满突出的男性，往往阴茎的发育欠佳。
尽快割掉包皮阴茎勃起超过长度13厘米直径超过2.5厘米就是正常。青少年阴茎短小，先去医院抽血化验性腺系列。如果正常，最常见病因就是手淫和包皮过长，尽快彻底戒掉手淫，手淫导致发育期青少年发育不良或者停止，阴茎海绵体挫伤，阴茎越来越短小，戒掉后增加营养，多吃高蛋白食物，牛羊肉，海参。
阴茎短小就会造成包皮包茎，还会引起是龟头炎、前列腺炎等慢性疾病。阴茎短小不但直接影响性生活的质量，甚至诱发家庭关系的破裂。如果关于短小建议到医院就诊。