脑器质性精神障碍指由于脑部感染、变性、血管病、外伤、肿瘤等病变引起的精神障碍，又称脑器质性精神病。当生命体征稳定后以卧床休息和对症处理为主。对兴奋躁动并确诊为非颅内出血所致者，在密切观察瞳孔与意识状态情况下，予以小剂量抗精神病药或抗焦虑药。脑外伤后综合征与神经症采用相应神经症的治疗，恐惧与抑郁可选用三环类抗抑郁药治疗，脑外伤后精神病可选用抗精神病药治疗。
对兴奋躁动并确诊为非颅内出血所致者，在密切观察瞳孔与意识状态情况下，予以小剂量抗精神病药或抗焦虑药。脑外伤后综合征与神经症采用相应神经症的治疗，恐惧与抑郁可选用三环类抗抑郁药治疗，脑外伤后精神病可选用抗精神病药治疗。
癫痫是属于神经内科的病症，这种一般是可以控制住病情的。经常频发发病是会严重损伤大脑神经的，说明病情控制的并不稳定，建议神经内科就诊，伴有的精神障碍也是需要加上调理精神障碍的药物一起服用的，没有其它更好更合适的方法。
治疗包括病因治疗和对症处理两方面。已明确病因者，应尽早采取措施，去除病因。如抗感染、清除进入体内的毒物、颅内占位病变的去除、补充缺乏的维生素和营养物质等。病因已不存在或无法去除者，则宜采取有效措施，维持正常生理功能，消除精神障碍。急性器质性精神障碍的病人，常有精神运动性兴奋，可口服药物镇静，也可加用肌肉注射。由于镇静作用较强，可引起体位性低血压，所以对年老、血压偏低或有呼吸功能衰竭的病人应慎用。
结核性脑膜炎可能会损伤到脑实质，就可能会出现精神障碍。
结核性脑膜炎所致精神障碍主要表现为情绪不稳定、容易激惹、缺少主动性，表现为发热、头痛、意识障碍、脑膜刺激征、脑神经损伤等，但因其潜伏性起病，有时发热不强烈，颈部僵硬不明显，容易被误判。另外，患者也有一定的记忆力减退，不过大部分患者经过处理都可以恢复，主要表现为认识和性格变化，需要使用抗结核的药物进行治疗。
肝豆状核变性导致的心理疾病是一种常见的单基因遗传疾病。
由于人体缺少血清铜蓝蛋白，无法与铜进行有机的融合，从而会导致人体内的铜沉淀在组织中，从而导致铜的代谢紊乱，从而对人体的器官和器官产生损伤，最常见的是脑的基底核、小脑、大脑皮质、角膜、肝肾等，这种疾病的病理改变是以豆状核为主，大脑皮质也会受到损伤，病理切片上可以见到壳核或者是尾状核，神经细胞退化甚至是消失。