肛门脓肿治疗方法分为非手术治疗和手术治疗。非手术治疗包括:抗生素治疗、温水坐浴、局部理疗、用药物以减轻排便时疼痛。脓肿切开引流是治疗肛周脓肿的主要方法，经非手术治疗，肛周脓肿未见好转，还有肛周脓肿发病就很重的，这样只有肛周脓肿手术切开引流或超声引导下脓肿穿刺引流。肛周脓肿一胆旦确诊，应积极切开引流。
医学认为感染是疾病的主要原因。肛周脓肿可由肛裂、痔疮、肛窦炎、肛周皮肤滤泡性汗腺炎、肛周皮肤病等感染引起。某些疾病，如溃疡性结肠炎、再生障碍性贫血、全身营养不良，使身体虚弱，降低抵抗力，并诱发肛周脓肿。一般也会见到因为肛门直肠手术引起的感染，从而形成直肠周围脓肿。尿道术后感染、尾骶骨骨髓炎术后感染、产后会阴破裂缝合后感染等手术都可能引起脓肿。
肛门旁有硬疙瘩，要具体看硬疙瘩是在肛缘上还是肛门旁。如果在肛缘上普遍是炎性外痔、血栓性外痔，如果在肛旁有一个硬包块，可能是炎性包块，可能是肛周脓肿的并发症，包块破溃可形成肛瘘，没有破就形成炎性包块。
可以使用一些药物进行治疗。肛周脓肿是发生于肛门、肛管和直肠周围的急性化脓感染性病，属于细菌感染，要给予抗炎治疗，脓肿成熟后可切开引流，给予营养丰富的食物，可多吃高蛋白，及富含维生素的食物，避免吃辛辣刺激性食物。
肛门脓肿严重。因为发病比较急，疼痛比较厉害，短时间内可以沿着肛周的脂肪间隙蔓延。如果是慢性的肛周脓肿，一般形成脓肿会有一个过程，疼痛不是特别厉害，全身症状不是特别重。
是与久坐、饮食结构改变等有关系，如果目前无不适症状，可以用无花果煎水熏洗，或用韭菜煎水薰洗就可以。平时要适当活动，不要久坐，养成按时排便的习惯，便后及时清洗，多喝菜汤，多吃水果，少吃肉食和蛋奶，预防便秘，不吃辛辣食物，以免诱发肿胀出血或疼痛。