一般来说，支气管镜检并不会引起肺部疼痛，少数患者表现为肺部疼痛，可能的原因是支气管检查时引起了气道损伤，从而让他们感觉肺部疼痛。这种情况下患者可以吃些营养神经的药物，观察自己是否出现了咳嗽，咳痰等异常症状，没有炎症的前提下，这种不舒服的感觉持续一段时间之后会逐渐消失，并不会给患者带来其他方面的疾病。
通过支气管镜检查，可以有以下作用，不明原因之咳血，不明原因声音沙哑者，不明原因横膈上升者。肺癌诊断及分期的依据，利用支气管镜做切片以得到组织诊断。良性支气管病变之诊断。诊断弥漫性肺部疾病。
支气管镜检查风险比较大，支气管镜是属于侵入性的一种操作的，检查过程中可能会有引起窒息，局部的出血，黏膜损伤的可能性，局部会使用麻醉药物，一般不适症状不会很明显的。
支气管镜检查有危险。支气管镜是一种非常成熟的检查方法，其风险很低。过敏、心脏骤停、多源性呼吸暂停、大出血引起的窒息等并发症是最常见的并发症。在进行支气管镜检查后要注意的事项有两个小时内禁食，避免误吸。在半个小时内不要发出声音，避免声音嘶哑、咽痛等。鼓励患者咳嗽、咳痰、保持气道通畅。同时要注意咯血，少量咯血不需要特别治疗，咳血量大的时候要及时向医生报告。
支气管镜检查的时间根据检查的难度和目的而定：
1、诊断方面：如普通的检查，气管镜没有发现肺部有明显的病变，约5-10分钟即可完成支气管镜检查。如发现肺部有肿块，需要取活检，约10-20分钟可以完成；
2、治疗方面：如肿块切除，一般0.5-1小时可以完成。如结核的冷冻治疗或者支架植入治疗，约1小时内可以完成。
支气管镜检查时间与检查医生以及患者本身需要进行的检查项目有关。如果仅进行一般检查，检查气道内的问题，如咳嗽查因，则可能很快就可以检查完毕，一般5分钟以内。这不包括术前麻醉过程。如果患者需要做活检、灌洗，可能时间会相对延长，约15-20分钟左右。如果患者病情更复杂，可能是气道狭窄，需放支架，则需要0.5-1个小时左右。具体检查时间需要根据实际情况而定。