感染性心内膜炎一旦确诊之后，首先要用抗生素药进行抗菌治疗，比如常见的青霉素或者是氨基糖苷类药物，若治疗无效可采用杀菌剂，比如头孢菌素。这种疾病病情比较长，所以说在治疗期间要坚持用药，做长时间改善不了，或者发生了难治性心力衰竭，可以做手术。
感染性心内膜炎指因细菌、真菌和其它微生物直接感染而产生心瓣膜或心室壁内膜的炎症，有别于由于风湿热、类风湿、系统性红斑性狼疮等所致的非感染性心内膜炎。感染性心内膜炎典型的表现有发热、杂音、贫血、栓塞、皮肤病损、脾肿大和血培养阳性等。
感染性心内膜炎疗程亦要足够长，力求治愈，一般为4～6周。对临床高度怀疑本病，而血培养反复阴性者，可凭经验按肠球菌及金黄色葡萄球菌感染，选用大剂量药物治疗2周，同时作血培养和血清学检查，除外真菌，支原体，立克次体引起的感染。若无效，改用其他杀菌剂药物，感染心内膜炎复发时，应再治疗，且疗程宜适当延长。
感染性心内膜炎治疗方法有内科治疗，对于感染性心内膜炎要通过血培养选择使用针对治病细菌敏感、强力杀菌抗生素。外科治疗，对于心内膜有赘生物形成或心脏瓣膜结构已发生变化的，给予心脏外科手术的治疗。
一般情况下，小儿感染性心内膜炎可以采取以下办法检查。具体分析如下：
儿童感染性心内膜炎要进行彻底的体检。首先要做血常规和尿常规检查，发现这种疾病的孩子会有贫血的表现，同时会有白细胞增多，尿常规也会有血尿。其次是血沉和生化指标，感染性心内膜炎会导致血沉加速，肝脏和肾脏的功能也会受到影响。儿童感染性心内膜炎最主要的是要进行血液培养，并且要多次进行，才能得到比较精确的血液培养，从而为临床提供更好的指导。此外，血液培养还可以作为停止使用抗生素的一个重要依据。
一般情况下，小儿感染性心内膜炎的临床表现有发热、呼吸困难、胸口疼、咳嗽、皮肤或黏膜有瘀点、食欲减退等，最常见的是发热症状，可有长期的不规则发热。
栓塞在皮肤可有皮肤瘀点、欧氏小结表现，栓塞在内脏可有脾肿大、尿血、腹痛等表现，需要及时前往医院就诊，明确病因后对症治疗，以免延误病情的诊治，不利于身体的恢复。