指甲真菌感染可内服药物，单纯服用抗真菌药物，如灰黄霉素、氟康唑、斯皮仁诺等药物均有一定疗效，并且方便，但因为这类药物必须达到真菌所寄生的甲板处，才能发挥抗菌作用。患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。平时少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
真菌性包皮龟头炎是导致阴茎真菌感染的主要原因。1.每天清洗两次包皮，可以使用温开水或复方黄柏液、红核妇洁洗液等中药洗剂。2.局部使用达克宁乳膏、贝雷松软膏等抗真菌药。每天清洁包皮空洞后，每天2次，均匀地涂在龟头和包皮内板上。3.在治疗过程中，尽量不要有性生活或者使用避孕套，性伙伴还应该进行霉菌性阴道炎的检查和治疗，避免反复的交叉感染。
肺上有真菌感染也叫做真菌性肺炎。通常情况下，患者可以通过药物治疗的方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果出现发热症状，可以口服布洛芬、醋氨酚等非甾体类退热镇痛药物；咳嗽的时候可以口服可待因、右美沙芬等；痰液粘稠或痰液明显时，可用盐酸氨溴索、溴己新等药物进行祛痰治疗，同时根据感染真菌的种类选择抗真菌药物，如氟康唑、伊曲康唑等。
一般来说，耳朵上真菌感染可以使用药物治疗。
外耳道真菌感染，外耳道会出现豆腐块般的白色分泌物，外耳道和耳廓也会出现红肿、潮湿的情况。可以将外耳道的分泌物用温水清洗，然后用抗菌药物滴在耳廓上，持续使用一个星期，直至所有的外耳道和耳廓症状都消失，并保持干燥。在治疗过程中要避免食用辛辣刺激的食物，辛辣刺激的食物和酒精会刺激外耳道和耳廓粘膜，导致病情反复发作。
一般来说，伤口真菌感染需要药物治疗。
1、局部创面用碘伏溶液消毒，清除局部的坏死组织和死腔，并用双氧水清洗，防止厌氧菌感染，彻底清洗真菌孢子和菌丝。第2、如果是大面积的霉菌感染，则应再次进行扩张清创。清理大面积的脓腔，包括周围的正常组织。
3、如果病人的免疫力较差，可以通过静脉注射免疫球蛋白。
4、有全身性感染，需静脉注射抗真菌药物。