一般来说羊膜腔穿刺术是存在风险的，只是风险不大。
首先穿刺的难度是会因人而异的，所以风险也会不同与胎盘的位置、胎儿的体位以及穿刺部位的羊水量有相应的关系。穿刺术是有可能会导致子宫感染或者是流产的情况出现的，所以在进行羊腔膜穿刺术最好选择公立的正规医院，在术后是需要孕妇卧床休息的。在孕期最好是定期的进行孕检，以保证胎儿的正常发育。
羊膜腔穿刺术存在感染的风险，羊膜腔穿刺术属于产科侵入性操作，有可能会引起宫腔感染，还存在胎膜早破的风险，进行穿刺术需要穿过羊膜，进入羊膜腔以内，这样会造成羊水外漏，引起胎膜早破。
做羊膜腔穿刺术会伤胎儿。做羊膜腔穿刺术有一定的概率会损伤月齐带、胎盘、胎儿偶可发生脐带或胎盘血肿，或刺伤胎儿引起出血。若穿刺出血性羊水，应鉴别来自母体亦或胎儿，注意监测胎心，所以还是不要轻易手术。
唐筛中如果化验的结果处于临界风险，建议进一步做无创DNA检查，或者是羊水穿刺的检查来判断最终的结果，虽然一般的结局都是正常的没有问题，但是不能存在侥幸的心理，临床上的确出现了这种化验之后结果有问题，需要终止妊娠的。
临界高风险不是特别严重，相比较来说患病的几率比低风险要高一些，正常现象下应该是低风险。这种检查的结果数值并不是特别的准确，和孕妇的年龄和孕周都有一定的影响。
唐氏筛查检查结果如果是十八三体高风险，需要进一步做羊水穿刺来确诊，因为唐氏筛查本身是筛查手段，并不是确诊，出来的检查结果是风险值的确定。高风险的检查结果并不是说新生儿就一定有十八三体综合征，只是表明发生几率大大增加，羊水穿刺才是诊断金标准。