妊娠后流出咖啡色分泌物，说明出血较少，此出血可来自宫腔、与妊娠有关、与妊娠胚胎或胎儿关系密切、可为流产或先兆早产或足月临产。
如伴腹痛则提示有不同程度宫缩，此出血与妊娠相关，需严密观察或进一步检查，行超声检查可明确宫内妊娠情况，妇检可判断或知道出血部位。少数病例可能为与妊娠无关之出血，例如阴道之炎症、宫颈之病变（例如宫颈之息肉、宫颈癌）都会造成咖啡色分泌物外流。
药流后干净了又有咖啡色分泌物，宫腔有残留物。成年女性的阴道呈酸性反应，因为少量的血在阴道酸性的作用下就变成咖啡色的，可以马上做清宫手术，清除宫腔残留物，同时要使用抗生素，防止感染。
在孕早期下身分泌物褐色考虑是出血的情况，为先兆流产，需要积极进行保胎的，孕囊发育还是不错的，已经出现胚芽和胎心的，现在需要积极进行保胎。多卧床休息，少活动就可以的，在孕早期加强营养多休息就可以的，后期出血是会逐渐停止消失的。
一般来说，月经过后有咖啡色分泌物，可能是妇科疾病引起的。
患者月经过后，阴道有咖啡色的分泌物，可能是妇科疾病引起的，如宫颈炎、阴道炎、盆腔炎等。患者可以到医院做B型超声波检查、阴道镜检查、白带检查。如果是内分泌失调导致，需要调经治疗；如果是子宫内膜感染导致的，可以选择口服抗生素及中成药进行治疗。注意治疗期间禁止性生活。
一般情况下，阴道咖啡色分泌物可能是环境影响、排卵期出血，或其他妇科疾造成的，具体内容如下：
在非月经期间，阴道内有咖啡色的分泌物，提示有出血的可能，由于出血量不大，在酸性和碱性的环境中会形成咖啡色或深棕色的分泌物。如果是在两次月经期间的中期，应考虑是不是在排卵期出现了，不需特别处理，一般只需坚持两三日即可痊愈，平时要做好个人卫生方面的护理。也有可能是患有子宫颈糜烂、妇科炎症等疾病，建议去医院进行妇科检查，并对症处理。
怀孕初期出现咖啡色分泌物可能是流产的征兆。流产是怀孕初期的常见症状，所以怀孕初期要注意休息，避免剧烈活动，避免同房，减少流产几率。如果出现咖色分泌物，一定要及时进行保胎治疗，同时还要做超声检查，确定是否有保胎的价值。如果只是有少量褐色分泌物，不会有腹部疼痛的感觉，可能是因为怀孕初期体内雌性激素分泌量增多，出现褐色分泌物。