口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
出现口腔溃疡等引起来的不适一般和维生素的缺乏免疫力下降，以及近段时间口腔过锐的牙齿残根不良刺激物的刺激等都有一定的关系。这段时间注意多休息，不要熬夜，少吃辛辣刺激性的食物，多吃些新鲜的瓜果蔬菜，尽早及时的治疗牙龈炎和龋齿，有时间还是多到户外活动，增强自身的免疫力。
口腔溃疡是最常见的口腔黏膜疾病，反复溃疡最有可能是患了复发性阿弗他溃疡，偶尔发生的单个溃疡，可以用口腔溃疡膜贴于患处，也可选用溃疡膏涂于患处。溃疡膜和溃疡膏有较好的消炎、止痛、促进溃疡愈合的作用。对于口腔溃疡反复发作没有间隔的患者，可针对性的选择全身治疗药物，调节机体的免疫功能，去除与口腔溃疡有关的全身致病因素，减少溃疡的复发。
口腔溃疡治疗原则是消除致病诱因，增进机体健康，减轻局部症状，促进溃疡愈合，但是目前还没有特效药物，所以治疗时应针对每个病例的致病诱因和对药物的反应，有侧重地采用治疗方法和药物。平常注意休息，避免进食酸辣刺激食物，以减少复发次数。
可以用盐水漱口，局部用淡盐水棉棍清洗，然后用锡类散或者口腔溃疡散，拿棉花蘸涂到溃疡面上，1天涂2、3次，5天就好了。也可以用维生素B2碾成粉状撒到溃疡面上，还可以用黄连水煮的药水涂或者漱口，能够有效促进溃疡的痊愈。