如果尿道有分泌物，并且已经被诊断为细菌性阴道炎，可以通过静脉注射抗生素来治疗感染。治疗期约为7-10天。同时，外用药物也可以用来冲洗局部区域。其次，应注意当地卫生，经常更换内衣，并将内衣暴露在阳光下。
非淋菌性尿道炎是指除了淋球菌之外的致病菌引起的尿道感染，目前主要是指由支原体、衣原体感染引起的尿道炎，多数是通过不洁性接触引起的。治疗上需要敏感的消炎药物治疗。每天注意个人私自的卫生清洁，勤换洗内裤，而且治疗期间禁止性生活。
非淋球菌性尿道炎主要是感染了淋球菌以外的病原体，引起泌尿生殖系统的黏膜的炎症，主要是衣原体、支原体等。其临床表现主要表现一些尿道的刺激征状，如尿频、尿急、尿痛等尿路的刺激征状。
非淋菌性尿道炎可引起一系列并发症。可造成性功能障碍，如性欲减退、阳痿、早泄等，男子不育，植物神经功能紊乱，如烦躁易怒、精神萎靡、失眠多梦乏力等。非淋菌性尿道炎合并附睾炎者，会导致梗阻性无精子症，造成男性不育。另外，非淋菌性尿道炎还会导致睾丸炎、输精管炎等疾病。
非淋菌性尿道炎的治疗就是要在治疗期间，除了配合医生的治疗之外，还要注意饮食，要保持良好的心态，平时洁身自爱，私生活不要过于混乱。预防感染应该做好隔离工作，避免传染给别人。
非淋菌性尿道炎肛门坠，25岁以下占60%。男性可合并附睾炎，附睾肿大，发硬且有触痛，有的还可合并睾丸炎，前列腺炎等。女性可并发官颈炎，宫颈炎症和糜烂，分泌物增多，阴道及外阴瘙痒采用广谱抗生素疗法，并且强调要连续不间断用药，要规则、定量、彻底治疗。治疗后10－20天复查再次均为阴性，并用临床症状消失。本病治疗时所需的疗程较长。