小儿先天性直肠肛门畸形疾病没有什么特效药物治疗，主要就是进行手术治疗。可以去当地公立医院儿科门诊，小儿先天性直肠肛门畸形疾病世一种先天性的发育畸形而导致的，容易出现在小儿身上。
先天性肛门直肠畸形是新生儿期最常见的消化道疾病，其病因和胚胎发育机制目前尚未完全明确。先天性肛门直肠畸形，从最轻症的膜状肛门到严重的泄殖腔畸形。前者仅需简单手术能达到良好的手术效果，后者手术操作难度大，费时，尽管能重建肛门，但术后仍存在排便、排尿及性功能障碍，部分新生儿因肠梗阻或伴发的疾病需要做紧急处理。
可能会导致排便不畅，甚至引发内脏出现压迫性疾病，及时将检查结果交给肛肠科的医生与肛肠科医生沟通，具体治疗方案配合医生进行治疗，日常生活当中饮食避免辛辣刺激的食物。尽量以流质食物营养丰富，有利于营养的补充。
先天性直肠肛门畸形就是患儿的直肠和肛门部位出现畸形了，例如先天性肛门闭锁就属于以上畸形的一种了。先天性直肠肛门发育畸形非常多见，并且类型众多，直肠盲端和瘘管的位置各异。其发病率在新生儿中为1∶1500～5000，占消化道畸形的首位。可以根据检查的结果看看是不是需要手术进行治疗。
先天性并指多指畸形需要把手指分开，剩下的指骨就会被切掉。
这种疾病通常是由软组织连接而成，只在基部的基底，与其他关节相邻，而不是共同的。这样的话，切除起来就容易多了。有些手指多并指，是指骨有翘融合，这个是一种比较复杂的现象，通常可以将多余的指骨去掉，然后将另一根手指的指骨分开，这样会对正常的关节造成一定的损伤。
一般情况下，并指多指畸形不需要植皮，但如果是并指畸形，则需要进行植皮。
先天性肛门闭锁是因为胚胎期肠腔的末端与皮肤上的肛门没有相连接所致。肠腔末端通过窦道在会明或泌尿生殖道与外界相通。其主要特征有患儿在肛门的正常位置处无肛门开口或有肛门痕迹，但无粪便排出。大肠末端可能经一狭窄的通道穿过皮肤而开口于肛门正常位置前面。