脑萎缩晚期可以导致肢体的运动功能，言语功能的障碍，还可以导致痴呆，严重的还可以引起一些意识障碍，吞咽功能障碍等。导致不能生活自理，出现长期卧床，很容易出现一些并发症，严重的威胁到的生命。
脑萎缩的晚期病人一般会处于卧床状态，生活不能自理、也不能够进食。对于脑萎缩晚期的病人，大多数会死于严重的营养不良以及卧床引起的坠积性肺炎以及感染诱发的心功能不全。
判断脑萎缩的预后和生命周期还没有一种确切的概念和标准。一旦在临床上能够发现有脑萎缩的表现，通过病人的症状、体征，或者头部影像学检查，一旦发现，基本上不会是较轻微的，此种情况下一定要进行规范治疗，明确到底是何种原因造成的脑萎缩。大部分脑萎缩与病人年龄相关，这是绝对危险因素。
小脑萎缩晚期严重是会致命的。小脑萎缩于神经影像学指小脑体积在核磁共振等影像学上表现为体积明显缩小，小脑萎缩的晚期可以出现平滑肌功能失调，出现呼吸不协调，甚至出现窒息。
一般治疗方法是西医疗法、外科手术疗法以及中医综合疗法等措施，临床上西医治疗以及外科手术的治疗风险都比较大，且脑萎缩主要是一种脑部疾病，这样下来对脑部的损伤特别大，不建议选用。