颚下腺囊肿是属于良性的病变，通过保守治疗是无法消除的。如果囊肿非常小，对于身体健康并没有什么影响，也不需要做特殊的治疗，平时继续观察就可以。如果囊肿比较大，那可以通过穿刺抽液处理。如果反复出现复发，可以通过手术切除，其没有什么有效的治疗方法。
位于尿道口囊肿，也称为龟头腺囊肿。多位于尿道外口或者包皮的系带处，囊肿里面还有透明的胶冻样的或者使用的液体，一般没有明显的症状。较大的囊肿可能会影响排尿，甚至会继发感染。保持有规律的生活习惯，注意休息，避免劳累。
唾液腺囊肿长大后会引起局部异物感。感染后会有明显疼痛。这一类囊肿的出现在医疗手段上一般都采取手术，效果比较好。药物治疗也比较多，可以采取一些硬化剂药物的注射，造成囊内的局部的无菌性炎症以后，囊壁纤维化之后完全愈合。
小孩生殖器囊肿通常是皮口或尿道外口。
包皮口囊肿在包皮交界处，治疗以手术切除为主，若包皮囊肿较大，建议进行包皮环切。若囊肿在尿道外口，建议进行囊肿剪开或剥离，创面要垫住缝合。囊肿具体病因不明，是一种良性病变，切除后没有不良的反应，术后要留置尿管预防，预防切口感染，感染会难以愈合，容易形成瘢痕。也可以选择注射治疗，生殖器部位不建议用注射治疗，防止不良反应。通常囊肿不会很大，早期可以观察，多数预后良好。
囊肿不能挤压的，很容易刺激囊肿增长，或者是疼痛，囊肿是良性肿瘤，可能会出现在皮肤表面，身体如果有囊肿出现，平时不能吃含激素多的食物，注意观察是否有持续增长，有明显症状，需要手术切除治疗。