阿奇霉素也有一定的副作用，但比红霉素要低得多，要轻些，大概发生率在12%左右，最常见的副作用就是胃肠道反应，患者服用以后胃部不适，有的病人有恶心、呕吐等症状。另外还有极少数人可能有肝功指标如转氨酶一过性升高等。
它的副作用和其他的抗生素大体是相同的。常见的就是消化系统的疾病，比如消化不良、胃肠胀气、胃炎、口腔念珠菌病等。神经系统疾病，比如头痛、嗜睡。除此之外，还可以有过敏反应，比如局部瘙痒、痉挛等，其他的还有味觉异常等。
小儿使用阿奇霉素一般可以治疗支原体或者是衣原体感染，副作用主要是胃肠道的不良反应。主要症状包括腹痛、腹泻、呕吐或者是食欲下降，一般在停用阿奇霉素之后不良反应可以消失，也可以引起过敏反应。
阿奇霉素干混悬剂副作用不大，主要是用于治疗支气管炎、肺炎、中耳炎、咽炎、扁桃体炎等一系列的炎症。对于具体的疾病，还需根据医生的嘱咐来控制用量。不能够长期服用，可以以五天为一个疗程。
阿奇霉素片的副作用会引起支气管炎、肺炎等下呼吸道感染。皮肤和软组织感染。急性中耳炎。鼻窦炎、咽炎、扁桃体炎等上呼吸道感染。不要吃生冷辛辣的食物，低脂低钠饮食，三餐要规律，放松心情，规律睡眠，尽量不要熬夜。
吃了阿奇霉素，不要再吃头孢，对于感染性疾病的治疗一般都是选择一种抗生素，前提都是进行药敏试验通过痰培养，血培养来选择敏感的抗生素，阿奇霉素属于是第二代里的大环内酯类药物，属于头孢菌素，一般情况下都属于是广谱抗菌药。