多囊肝、多囊肾，治疗上主要以对症治疗为主，比如多囊肝、多囊肾的患者，如果出现了血尿，患者早期卧床休息，合并感染积极的抗感染治疗。如果囊肿过于巨大，而产生了压迫的症状，比如多囊肾出现腰部的疼痛，肝囊肿出现上腹部的疼痛，这时如果有单个的囊肿比较巨大，可以行去顶减压术，来减轻患者的这种疼痛不适。出现了肝功能的异常或者肾功能衰竭，对症的使用保肝类的药物、保肾降糖类的药物对症治疗。
多囊肾多囊肝可以穿刺抽液来治疗。多囊肾多囊肝属于常染色体显性遗传性疾病，治疗主要是针对并发症的治疗，以及预防囊肿的增大，首先是饮食方面，不吃巧克力，咖啡，浓茶等含有咖啡因的饮料。
多囊肝，多囊肾是先天性的疾病，吃中药治疗是没有效果的。如果肝肾功能正常，而且不会影响正常的工作和生活，是不需要医治的，但是要定期去医院检查肝肾功能。平时要注意劳逸结合，不要吸烟喝酒，饮食要清淡些，不要让自己感冒了。
先天性多囊肝和多囊肾等病史，是一种先天性的遗传性的病变，如果没有明显的不适可以不用特殊的处理，如果出现腹部疼痛，血尿，腰痛，肝肾功能不全等情况需要及时的行手术切除及保肾保肝处理，以防病情加重。
多囊肾多囊肝患者的寿命不是固定的，差不多在十年左右。多囊肾多囊肝患者的饮食治疗对控制肾功能恶化进展非常重要。采用低盐饮食，每天2到3克食用盐为宜，少吃含钾、磷的食物，要低蛋白、低脂肪饮食、多吃富含维生素与植物粗纤维饮食，保持大便通畅。