脑囊肿是一种先天性的病变，一般不会发生恶变，当囊肿在很小的时候，几乎没有什么症状，一般是在颅脑CT的检查中发现的，是不需要处理的，只需动态观察，定期复查即可。当囊肿增大到一定程度，引起脑组织的压迫症状，如引起颅内压增高，继发癫痫等情况时，需要治疗。
可以通过口服抗炎药物跟通过手术来进行治疗，肺囊肿主要包括有先天性的和后天性的。先天性是由于胚胎发育不良引起的肺大泡。而后天性是由于各种原因引起的肺气肿破裂，融合成新的肺大泡。一般囊肿破裂之前，要注意保护肺内的正常的肺功能、恒定的压力。
为避免各种并发症，建议手术切除，但也有人认为如果没有临床不舒服，也可以观察，具体的治疗还是要到医院进行检查确诊。肺囊肿又叫先天性支气管肺囊肿，多见于男性的儿童和青少年，它的特点是远端支气管的先天性畸形，可以分为单发性或者是多发性。X线表现通常为单个或多个圆形、薄壁阴影，边缘比较清晰。如果囊肿和支气管相通，就会出现液气平面。
肺囊肿，是胚胎发育障碍所引起的先天性疾病，可以分为支气管源性囊肿和肺实质囊肿，好发于幼年或青年，可单发或多发。囊壁比较薄，与支气管相通，可以形成液气囊肿或含气囊肿，囊肿破裂可形成气胸。如果囊肿比较小，没有临床症状，则不需要治疗，复查、动态观察即可。如果囊肿并发感染，患者出现发热、咳嗽、咳脓痰，并影响肺功能，出现胸闷、气喘等，需要积极抗感染、化痰、平喘治疗。
肺囊肿是由于胚胎发育不良引起的先天性疾病，好发于幼儿时期或者青年时期，可以单发，也可以是多发的。一般囊壁菲薄，与支气管相通，形成液气囊肿或者含气囊肿，囊肿破裂可以引起气胸。肺囊肿一旦确诊，应该尽早手术治疗。因为囊肿随时有可能引起自发性气胸或者继发感染的可能，药物治疗是不能够彻底的治疗的。