需要根据病因以及病情的发展情况选择治疗的方法以及判断治疗的时间。同时需要保持良好的心态积极配合治疗，做好肛门的护理工作，平时不要久坐久站，坐时保持肛门悬空，大便后用水冲洗干净肛门。
一般常规消炎时间在三天左右就可以了，其次自己加强个人下体的卫生，禁止同房半个月的时间，每晚睡前可以用温开水清洗下体，尽量不要频繁的去使用清洗，更加不要去冲洗阴道内。
囊肿要是不大，边缘没有大的分支血管的，手术就做的很快的，大概一小时就能分离出来的，有两个小时就能完成手术的。包括后期住院恢复也是很快的，大概两三个疗程就可以了。
如果囊肿小的可以考虑用药物保守治疗，一般需要三到五个疗程，若比较大的囊肿已经有压迫症状等，可以选择囊肿放水或手术治疗。适当喝白开水，勿辛辣刺激性食物，勿久坐，勿吸烟少喝酒。
需要4个-5个疗程。女性在卵巢巧克力囊肿术后，除了要进行定期的复查工作外，还需要调整自己的情绪，同时要注意避免感寒着凉。女性在卵巢巧克力囊肿术后进行正确的护理工作，可以让病人的身体得到更为有效的改善。
2个疗程。采用手术治疗后还需要2个疗程。手术治辽：卵巢囊肿切除术，年轻病人尤其是绝经前病人多采用此种术式。输卵管卵巢切除术，适用年龄较大（45岁以上）或绝经后病人；多采取卷地毯式将子宫与肿瘤连同盆腹膜整块切除，也可考虑在腹腔内留置导管，以便术后腹腔内注射化疗药物等使用。