肠系膜上动脉血栓，可以在医生的指导下使用药物进行消除。
在发生心房颤动、高血压、冠心病等疾病时，会发生肠系膜上动脉血栓。目前国内对肠系膜上动脉血栓的治疗方法是采用局部溶栓。因为肠系膜上的血栓会导致小肠和右半结肠的血液循环受阻。因此，在发病后6个小时之内应尽早进行消融，主要是使用尿激酶和链激酶，长期使用静脉泵入可以起到良好的溶解作用。
肠系膜上动脉栓塞，是由于栓子进入肠系膜上动脉造成的梗阻所引起的疾病。肠系膜上动脉主干口径较大，与腹主动脉呈倾斜夹角，栓子易于进入，在临床上比较多见。占急性肠系膜血管缺血的40%-50%，栓子一般来源于心脏的附壁血栓，故多见于风心病、冠心病、感染性心内膜炎以及近期心梗患者。此外，栓子来自动脉粥样硬化斑块及偶见细菌栓子，这些栓子自发或在导管检查时易于脱落，可以引起腹痛、腹胀、恶心、呕吐、血便等。
肠系膜上动脉夹层的治疗首先要注意控制病人的血压，而且病人要绝对卧床休息，尽可能的减少下地活动，保持大便通畅、避免咳嗽等导致腹压增高的情况，以免造成肠系膜上动脉夹层病变范围扩展，其次要及时地行腹部血管CTA检查或者行肠系膜上动脉造影检查，明确病人的病变范围，选择手术或者是介入治疗，肠系膜上动脉夹层处理得当，病人的预后良好。
肠系膜上动脉血栓是因长期慢性肠系膜动脉缺血导致侧支循环的建立形成的，病情恶化可逐渐出现少尿和代谢性酸中毒。当出现腹膜炎症状和体征时，多已发生肠坏死和穿孔。
肠系膜血栓可选择胃肠减压，补充血容量，应用广谱抗生素，也应该进行抗凝治疗，同时密切观察腹部体征变化。尽量到医院进行进一步诊断，在医生的合理的指导下进行治疗，以免病情的加重。必要时进行剖腹探查，将坏死的肠管连同含有静脉血栓的系膜切除。平时注意腹部的保暖，避免着凉，如有不适要立即告知医生，养成良好的生活习惯。
肠系膜上动脉血栓应早诊断、早治疗，包括支持疗法和手术疗法，手术疗法可行血栓内膜切除或肠系膜上动脉－腹主动脉“搭桥”手术，若已有肠坏死，应肠切除，根据肠管切除的范围及切除边缘的血运状况，施行一期肠吻合或肠断端外置造口术。