需要结合具体的疾病以及检查的部位。如果是发病的急性期，怀疑颅脑出血、蛛网膜下腔出血，CT是首选的检查。头部的核磁共振在检查脑梗死上，较头颅CT而言更加精确，能够清晰地显示脑干等部位的病灶。
CT比核磁共振准确，不是核磁共振就比CT好，需要结合具体的疾病以及检查的部位。如果是发病的急性期，怀疑颅脑出血、蛛网膜下腔出血，CT是首选的检查。头部的核磁共振在检查脑梗死上，较头颅CT而言更加精确。
CT和磁共振在不同的检查部位各有自己的优势。在中枢神经系统方面，核磁共振的诊断价值总体来说优于CT。在头颈部检查中，副鼻窦、乳突CT优于核磁共振，口咽、鼻咽、喉咽检查中，核磁共振优于CT。在胸部、纵膈检查中，CT明显优于磁共振。
磁共振检查肝癌的准确率还是比较高的，患者如果对检查结果存在怀疑，可以多去几家大医院再全面检查一下，来确定是否患有肝癌。磁共振并不能用来进行确诊是否是肝癌，只能用来参考，因为确诊还需要组织活检，并且对肿瘤类型进行分型，病理学检查才是诊断的标准。
不论从诊断质量，还是医疗以及设备安全的要求，病人在做磁共振检查时，身上或体内都不能够有包括金属牙套在内的金属物品，特别是做头部磁共振检查时。病人体内的金属物质会影响图像的成像质量，从而影响正常诊断。
胎儿磁共振2到6个小时出结果。
在妊娠晚期，女性发觉胎儿有头部或腹腔畸型，但这时b超没法彻底诊断。提议考虑到胎儿磁共振成像，进一步确诊实际问题。通常情况下，胎儿磁共振成像造成结论迅速，一般约2至6个小时。磁共振检查完成后，立刻就可以做磁共振图象了。所以这时只需要医生，通过图片来出具体的检查报告即可。
