一般情况下，宝宝半夜和早上醒来才咳可能是以下原因导致的：
在深睡的时候，宝宝的大脑皮质会进入充分的休息和深度的压制，从而控制咳嗽的中枢，进而可以有效地控制在深睡觉的时候不会咳嗽，在浅睡的时候，由于大脑皮质的一部份工作，导致咳嗽的作用会降低，从而导致半夜和早上醒来才咳。因此，宝宝半夜和早上醒来才咳，这是因为宝宝的咳嗽反应没有被压制。
宝宝半夜醒来睡不着，可能是饥饿、有便意、缺乏维生素等原因引起的。
宝宝半夜饿了火之石想要大小便，都可能会导致宝宝半夜醒来睡不着。如果宝宝平时营养摄入不足，可能会导致宝宝维生素D缺乏，容易导致宝宝夜间出汗、枕秃，进而会出现宝宝半夜醒来睡不着的情况。
平时天气好的时候，家长要尽量的带宝宝出去晒太阳，通过紫外线的照射，增加维生素D的合成与吸收。维生素D可以促进钙的吸收，这样要对宝宝的生长发育是有利的。
宝宝半夜里醒应该是白天睡的时间长了，在宝宝半夜醒来的时候不要弄出很大的动静，也不要去开灯，可以在宝宝迷迷糊糊的时候给他一些安抚，轻轻的拍一下他的背，或者给他喝一点奶，很快就可以再次入睡的了。
通常情况下，宝宝半夜醒来不睡觉，可以通过以下这些方式进行治疗：
如果孩子晚上睡觉不够充分，就会出现缺钙的情况，可以适当的给孩子服用一些鱼肝油和葡萄糖酸钙口服液。鱼肝油里有维他命AD。此外，如果已经给孩子补充食物，那么要注意补充的食物，要有足够的营养，种类繁多，容易被消化。在天气好的情况下，可以多让孩子到户外活动，让孩子多晒太阳，有利于钙的补充。
半夜醒来的原因，这是属于失眠，是由于在平时近期压力过大或者是经常胡思乱想，这样就造成中枢神经系统兴奋，时间长就会出现紊乱。所以平时及时去医院进行一下检查，若是属于失眠的情况，那么就需要服用安神补脑液配合调理。
一般情况下，宝宝每天早上醒来咳嗽如果宝宝没有出现发烧症状，首先要做好血常规、支原体等相关的诊断。如果不发烧，不咳嗽，应该是因为唾液呛到了，一般只有早上流了很多扣税的时候才会有。如果宝宝经常出现咳嗽，还会出现痰、气喘等症状，这种情况多是因为湿疹或有家族过敏史，所以一般使用孟鲁司特进行喷雾疗法是有效果的。如果出现喘气症状，可以通过过敏原检测和肺功能检查来进一步确诊。