通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
具体看女性是哪个部位的囊肿，有卵巢囊肿和宫颈囊肿，一般囊肿不会影响妊娠，如果卵巢囊肿很大，可以怀孕和分娩剖宫产进行囊肿切除治疗，如果不是大囊肿，第一次观察不影响妊娠。宫颈囊肿是慢性炎症。症状不影响怀孕。
肝囊肿消除可以通过手术来切除肝囊肿。肝囊肿在临床上也是非常常见的疾病，单纯的肝囊肿是先天性、非遗传性肝内囊性病变。出现这样的疾病，通常在很长一段时间里不会有明显的症状。
超声是诊断肝囊肿的主要方法。超声可检测几乎所有肝囊肿，肝囊肿检出率可达98%。在定性方面，超声检查比CT更准确，但CT在了解囊肿的大小、数量和位置方面优于B型超声，特别是对于需要手术治疗的巨大肝囊肿。在肝囊肿的诊断中，应首先进行简单、无创的超声检查。肝囊肿一般不会导致肝功能异常。
卵巢囊肿的大小，可以通过自己躺在床上，平躺着然后按压小肚子两侧卵巢的位置，看看是否能够摸到肿块，这也是检查的办法之一，不过这种检查不是很准确。检查方式还是通过B超检查，能够测出囊肿的大小，也能预估生长的速度，判断也更为准确。
