巧克力囊肿是不会影响怀孕的，但是怀孕后由于体内激素的原因可能会导致囊肿增大，要定期到医院去复查，应该是把巧克力囊肿先治疗好，再受孕比较好，同时要注意休息。清淡饮食为主。
巧克力囊肿是子宫内膜移位至卵巢，影响卵细胞发育而发生不育症。治疗的原则是消除焦点、减轻疼痛、促进生育、减少复发。卵巢囊肿是相对较大的，可以超导介入治疗卵巢囊肿。达到治疗疾病和根源。
巧克力囊肿约25%病人无症状，有症状者表现下腹痛、继发性痛经进行性加重、不孕等，该疾病不孕率高达40%。新婚，未生育，有生育要求，巧克力囊肿大小5厘米，建议手术治疗，因术后复发率高，所以术后要尽早备孕，术后可以到正规医院生殖中心进行指导备孕。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型。随着病情的发展，可出现痛经、持续性下腹疼痛、月经失调、不孕和性交痛等病症。因为异位的巧克力囊肿每次月经来潮，卵巢内就会出血。引起不孕的原因有两点∶一是卵巢的排卵功能受影响。二是引起粘连，导致输卵管不通。
右附件巧克力囊肿手术后是可以怀孕的，术后要进行调养，因为手术后女性的身体比较虚弱，在手术后一个月内应该避免性生活，不然对伤口的恢复不了，而卵巢部位此时也没有得到更好的恢复，也是不利于怀孕的。
子宫内膜异位瘤一旦形成，其异位的程度很可能已达中度以上，若再加上卵巢外侧黏连，则很容易变为重度异位症。其治疗主要以开刀切除囊肿为主，药物为辅；抽吸（配合超音波进行）囊肿只能减少囊肿直径，是为了提高手术或药物的效果，并不能作为主要疗法。