扁平疣和尖锐湿疣有明显区别，两者病原体都是人乳头状瘤病毒，但是一种是性生活传染病，另外一种是单纯的接触感染。扁平疣在临床相对比较多，在手的位置会起小的米粒丘疹。一般没有其不适，会慢慢恢复。而尖锐湿疣，巨大传染性。第一个就是根据外观来进行区分。还有第二个就是根据这个人乳头状瘤病毒的全套分析，一般扁平疣就是第三和第五两个亚型感染引起的。
扁平疣是病毒感染导致的现象，因为病毒感染导致皮肤出现淡褐色疣状凸起。而汗管瘤是由于汗管堵塞导致的现象。因为汗管堵塞导致皮肤出现异常凸起，但是汗管瘤的色泽基本与皮肤是正常的，所以两者还是有明显区别的。
常规去除方法有激光冷冻等办法以及外用茶剂这些方法。只能去除疣体。扁平疣是由病毒引起的，单纯的去除疣体对清除体内病毒没有什么意义，不去根。目前有一种技术（DNA生物序列重组疗法）一周左右可以去除掉，费用也便宜。
扁平疣和脂肪粒的区别是病因、临床症状、治疗方法等。
1.病因：扁平疣是人乳头瘤病毒3型感染导致的一种疾病；脂肪粒是皮脂腺分泌皮脂导管堵塞引起的。
2.临床症状：扁平疣为扁平状良性赘生物，呈肤色或淡褐色；脂肪粒则为米粒大小的圆形丘疹，内容物为乳白色。
3.治疗方法：扁平疣患者可以遵医嘱使用重组人干扰素α-2b凝胶、水杨酸软膏等药物进行治疗。脂肪粒可以做激光治疗，也可以用针头挑破。
扁平疣是由HPV中的亚型感染引发的一种皮肤良性增生，主要病毒类型为HPV2、3、4等，虽然具有传染性，但不会引发癌变。扁平疣的治疗方法主要有食疗、手术治疗和外用中草药治疗等方法。其中中草药治疗比较安全可靠。
瘊子和扁平疣不一样。
瘊子和扁平疣是由人乳头瘤病毒感染引起的皮肤疾病，瘊子主要是hpv2型感染引起的，hpv3型感染是引起扁平疣的主要原因。瘊子一般会出现在身体的各个地方，最多的是手上，最容易引发的原因是手上的创伤和长时间的浸泡，导致的症状是皮肤表面粗糙坚硬的一个半球形的小疙瘩，表面可能会有一些毛刺。而扁平疣主要发生在面部、手背、前臂等部位，一般都是浅棕色或者是皮肤比较平整的扁平疙瘩。通常情况下，激光、冷冻或者外用药物都可以清除。