来月经肚子疼、腰疼，可能是痛经、胃炎、宫颈炎等原因引起的。如果是痛经引起的可以吃布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片、妇科千金片等进行治疗，如果是胃炎引起的，可以使用奥美拉唑肠溶片、铝碳酸镁咀嚼片、雷贝拉唑钠肠溶片等药物进行治疗。如果是宫颈炎引起的，可以使用注射用头孢唑肟钠、阿奇霉素胶囊、注射用盐酸大观霉素等药物进行治疗。
孕40多天如果肚子痛、腰痛，有可能是先兆流产，也有可能是宫外孕导致的腹部疼痛，腰部疼痛。可通过如下方式改善：
1.建议及时到医院做血液hcg值、妇科彩超等检查；
2.如果是宫外孕，建议立即入院，可以通过口服米非司酮、甲氨蝶呤等药物进行保守治疗。可以选择手术切除病变一侧的输卵管，也可以选择做怀孕的清除术。
3.如果是宫内孕，可以多休息，服用保胎灵、黄体酮胶囊等药物。
一般情况下，来大姨妈肚子疼腰疼止痛处理方法，具体分析如下：
如果有手脚冰凉、怕冷的症状，可以通过热水泡脚、热敷等方式来驱除体内的风寒，减轻痛经；如仅有痛感，且有瘀斑，可用益母草冲剂来增强其活性，以帮助淤血排除；如果在月经期间腹痛比较严重，可以服用布洛芬缓释胶囊来缓解。
平时女性要注意保证充足的睡眠，避免过度劳累，多喝温开水、吃新鲜的瓜果蔬菜，还要注意保暖，有助于身体健康。
来月经肚子疼腰疼在不影响正常工作和学习的情况下是正常的，因为通常在月经来潮前，由于盆腔内有淤血可能会导致小腹坠痛、腰酸困。建议女性在月经期间要注意保暖，如果腰疼的情况比较厉害，可以去医院检查是否合并有其他的疾病，查明病因后对症治疗，在月经期间避免吃辛辣的食物，避免吃生冷的食物，饮食尽量温软易消化，同时避免受凉。
一般情况下，来月经肚子疼、腰疼是痛经的表现，可以通过药物进行改善。痛经分原发性痛经和继发性痛经，一般原发性痛经没有器质性病变，而继发性痛经一般是继发于某些疾病，常见的有盆腔炎、子宫内膜异位症等。原发性痛经可以适当吃中成药，如散结镇痛胶囊、芬必得、乐松等，还可以在肛门上双氯芬酸钠栓，能够改善症状。
继发性痛经患者首先要治疗原发疾病，如果是盆腔炎，可以在医生的指导下吃妇科千金片、桂枝茯苓胶囊等。如果是子宫内膜异位症，患者可以在医生的指导下吃丹莪妇康煎膏。如果患者没有生育要求，也可以上曼月乐环，严重时，还可以在医生的指导下进行子宫切除。
经期由于盆腔充血以及前列腺素的作用，有些妇女会出现下腹及腰髄部下坠不适或子宫收缩痛，并可出现腹泻等胃肠功能紊乱症状。少数患者可有头痛及轻度神经系统不稳定症状。
首先要考虑的是盆腔炎、子宫内膜异位症、子宫内膜炎、子宫肌瘤等都是导致这种情况的原因，此外在来月经期间要避免吃生冷、寒凉、辛辣刺激性的食品，不要用冷水洗澡，要注意要保暖，可以适当的使用温水进行热敷，可以多饮生姜红糖水，也可以用艾叶泡脚等。