原因是血栓性疾病，如脑血栓、冠心病、下肢静脉血栓等。同时在形成血栓前的状态，也会出现活化部分凝血酶原时间偏低。活化部分凝血酶原时间，是反映内源性凝血途径的指标。
活化部分凝血酶原时间偏高可能是参与内源性凝血因子的缺乏，如因子12，11，9，8，10，5，2和纤维蛋白原等。也可见于严重肝病如肝硬化或维生素K缺乏症病人，应用肝素或血液中出现了抗凝物质，活化部分凝血酶原时间也会偏高。
一般情况下，出现血栓不会导致凝血酶原时间高。具体情况分析如下：
凝血酶原时间是反映外源性凝血是否正常的，由于血栓会导致凝血酶原时间下降，体内环境处于高凝状态，此时不能及时的进行治疗，会导致血栓的体积增大，病情也会逐渐加重。如果凝血酶原时间过长，就会造成体内的凝血因子不足，或是体内使用了肝素类的抗凝药物。
血栓形成一般不会引起凝血酶原时间增加，一般只会引起凝血酶原时间缩短。
凝血酶原时间延长多见于先天性凝血因子缺乏、纤维蛋白原异常和DIC，包括急慢性肝病、原发性纤溶亢进、梗阻性黄疸、维生素K缺乏等。
但在血栓治疗中，使用抗凝剂或溶栓剂，会导致凝血酶原时间延长。对于有血栓形成的患者，如果在未抗凝溶栓的情况下，凝血酶原时间延长，应积极查找凝血酶原时间延长的原因，以进一步诊断疾病。
血浆凝血酶原时间偏高说明参与内源外源性凝血途径的凝血因子功能的缺乏，比如凝血分子3，7，10，2，1等缺乏时，就会出现凝血酶原时间偏高，此外维生素缺乏症以及鼠药中毒者也会出现血浆凝血酶原时间偏高的现象。
血浆凝血酶原时间是凝血系统的一个较为敏感的筛选试验，主要反映外源性凝血是否正常。因为主要在肝脏合成，所以当肝功能受损时，会出现凝血酶原的升高，导致凝血时间的延长，从而引起出血、淤血等。
