长时间的使用抗结核的药物会产生很大的副作用。有的病人会出现耐药性，在服用的期间，药物失去了效果，就会导致疾病加重，其次会出现尿酸增高，还会出现全身症状，比如头晕、头痛。
抗结核药对胃的影响，需要根据具体情况来定：
利福平、异烟肼、乙胺丁醇和吡嗪酰胺是目前最常用的抗结核药物，基本上这些药物都会有胃肠道产生反应，但是患者个人体质的不同，其反应表现也不同。有的患者会出现恶心、呕吐的症状，有的则没有反应。服药时，患者可根据自身情况与医生进行沟通，如果有严重不适，可停药或换药。
主要对肝、肾、胃肠道、神经系统、血液系统以及皮肤造成不同程度的损害，胃肠道反应、肝肾功能异常、溶血反应，甚至可引起急性肝功能衰竭。出现发热、皮疹、皮肤瘙痒，甚至剥脱性皮炎等严重的不良反应。
最常见的副作用，常表现为胃肠道反应，如恶心，呕吐，或者黄疸，或无反应，听力下降，前庭功能损伤。肾功能损伤：表现为眩晕，共济失调，肾功能指标上升等。出现以上副作用的时候，必须停药。
抗结核的药物一般需要早上空腹服用，更有利于药物的吸收，而且最好每天服用时间要同步。服用抗结核药物期间，需要定期做肝功能检查，及时发现药物对肝脏的损害情况，平时要注意加强营养，避免劳累、熬夜和饮酒。