腘窝囊肿病治疗的最有效方法就是行手术切除，只要术中仔细、认真，完全可以把囊肿完全切除，术后很少会复发。虽然因为第一次的手术导致局部组织粘连增加了二次手术的难度，但是只要术中保护好腘动脉，其他操作并非很困难。
腘窝囊肿要看骨科或是关节外科，也可以看普通外科。具体可以到医院咨询导医台。腘窝囊肿是指腘窝深部滑囊肿大或膝关节滑膜囊向后突入致腘窝，使腘窝局部突出肿大的一种疾病。起初多无明显症状，随着肿块增大，可有膝关节后侧肿痛或膝关节屈伸不便等症状。
腘窝囊肿跟过度劳累或局部肌腱肌肉等软组织炎症有关，中医方面用中医辨证论治，对证治疗，如用活血化瘀，健脾利湿，消肿止痛的方药，外用舒筋活血的药物外敷会有所好转。
可自我愈合，不需手术。腘窝囊肿可分为先天和后天两种，前者多见于儿童，后者可由滑囊本身的疾病如慢性无菌性炎症等引起，部分是并发于慢性膝关节病变而导致的。老年人发病则多与膝关节病变如骨性关节炎、半月板损伤等有关。
如果囊肿比较小的，是可以治好的，自己逐渐的消失的。这种囊肿大部分情况下还是由于膝关节内的大量的关节积液，通过一定的通道跑到关节后面而形成的。长时间的站立行走以及剧烈运动会，导致膝关节的骨性关节炎加重，炎性渗出，同时还会出现滑膜炎症，导致关节腔积液增多，液体就会形成腘窝囊肿。
腘窝囊肿不断增大，从而可以影响到膝关节的伸屈活动，尤其是可以明显的影响到膝关节的屈曲活动。另外，也可以造成对周围重要的血管神经的压迫，从而引起下肢的缺血症状。
