功能性消化不良的治疗方法有一般治疗和药物治疗。
1.一般治疗：功能性消化不良，需要养成良好的生活习惯，尽量戒烟戒酒，合理膳食，规律作息。
2.药物治疗：功能性消化不良，需要在医生的指导下使用奥美拉唑、莫沙必利、氢氧化铝凝胶、泮托拉唑等药物进行治疗。
日常生活中，应当注意充分休息，保证充足的睡眠时间，饮食方面应当忌食生冷油腻食物。
一般情况下，功能性消化不良指的是出现上腹痛、腹胀、嗳气、食欲不振、早饱、恶心、呕吐等症状。如果患有功能性消化不良，患者可以口服复方消化酶、乳酶生、复方阿嗪米特、保和丸、枳术丸等辅助消化的药物进行治疗，有较好的治疗效果，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。患者平时还应注意饮食习惯，避免吃过于辛辣生冷的食物，因保持清淡饮食。
一般情况下，在消化科，功能性消化障碍是一种很普遍的病症，约有50%左右的患者会出现在医院。患者会出现各种症状，有人会出现腹部肿胀，也有人会出现打嗝、嗳气等症状，也有人会出现上腹部疼痛等症状。有些病人，会感觉到肚子里的不适，却又说不上来。功能性的消化障碍一般都是以上腹部胀满、饱胀感、早饱感为主，也就是说，只要稍微进食一下，肚子就会被撑的感觉。还有嗳气，也会有恶心、呕吐等症状，这些都是因为各种原因引起的，建议患者及时去医院就诊，查明病因后对症治疗。
功能性消化不良可通过药物治疗、日常调理的方式进行处理。
进食的食物超过胃肠道的消化吸收能力可能会引起功能性消化不良，建议患者在医生的指导下服用补充消化酶和调节肠道菌群的药物。此外，日常生活中，患者要注意饮食健康，戒烟戒酒，以清淡和易消化的食物为主，忌辛辣刺激及油炸的食物，多吃新鲜的水果和蔬菜，少食多餐，不要暴饮暴食，保持心情舒畅，适当运动，比如慢跑、游泳等，有利于身体健康。
功能性消化不良是以下原因引起的。
功能性消化不良是胃食管反流引起的胃肠动力紊乱，表现为胃食管反流引起的反酸、恶心、腹痛、烧心、呕吐等症状。或是胃酸的分泌不正常会导致腹胀、嗳气等。还可能是胃溃疡导致的，需要到医院进一步检查并治疗。
患者平时应该保持环境安静和室内空气新鲜，注意防寒保暖，及时增减衣物，避免着凉，建立合理的生活制度。
功能性消化不良的康复期要看个人的情况，一般在一个月之内。
一般轻度的功能性消化不良，会有上腹的胀气、胃口减退等症状，需要及时的进行治疗，一般一个星期左右就会有所改善。不过，如果是重度的功能性消化不良，有可能会有喷射性呕吐等症状，需要很久的治疗，一般需要一个多月的时间。建议患者根据自身情况前往医院就诊治疗。