经过及时治疗，病毒性脑炎通常不会有后遗症。
大部分的病毒性脑炎，如果能够及早发现，及早治疗，通常都能收到良好的疗效。此外，还需要及时的做腰椎穿刺，尤其是少量的脑积液，用有针对性的抗生素或抗病毒药物进行治疗，一般不会留下任何的后遗症。但如果治疗不及时，或采用了错误的治疗方法，则可能有后遗症，如失语、言语障碍、瘫痪、吞咽困难、癫痫等神经系统损害。
病毒性脑炎后遗症不能恢复，具体分析如下：
后遗症是指在发病1年后仍然存在一些症状和体征，没有特殊的治疗措施，需要进行功能训练，康复训练，对症治疗。癫痫发作是脑炎的主要并发症，也可能是一些精神症状，也可能是一侧肢体感觉障碍，运动功能不正常，严重的还会出现昏迷。癫痫发作时，若只发生一次，无需特别处理。如果有两次或更多的发作，则要常规使用抗癫痫药物。
一般情况下，婴儿病毒性脑炎是否有后遗症，需要根据婴儿的病毒性脑炎病情的轻重程度来判断。
如果婴儿是轻微的病毒性脑炎，及时给孩子进行抗病毒治疗，预防并发症的发生，多数情况下是能够痊愈的，一般情况下不会遗留后遗症。如果孩子病毒性脑炎的症状比较严重，伴有神经功能的损伤，可能会遗留肢体障碍、语言障碍或者是智力障碍等，需要尽早的给孩子进行康复性训练。
病毒性脑炎如果能及时治疗是没有什么后遗症的，但是如果治疗不及时，会严重危害儿童的身体健康，影响到儿童的智力发育，并会留下不同程度的后遗症，会造成孩子的记忆力减退、智力低下、癫痫或肢体瘫痪等。
病毒性脑炎常见的后遗症就是癫痫。这种后遗症的表现多为意识模糊，植物神经紊乱或精神出现功能性障碍。病人会出现突然的意识丧失四肢抽搐，或口吐白沫等现象。所以说病毒性脑炎早期的治疗很关键。发现有病毒性，脑炎后要及早的进行治疗，减少留下后遗症的风险。
病毒性脑炎会有后遗症的，病毒性脑炎如果未及时治疗，会影响脑部脑实质，导致神经元出现坏死，从而残留有一些偏瘫，智力发育障碍等后遗症。出现偏瘫或者肌肉无力等后遗症，多是损伤脑部神经元所支配的肢体不能正常进行活动。这种后遗症没有特效药物进行治疗，只能持续多加进行康复锻炼，通过锻炼恢复肢体正常运动功能。