孩子指甲凹凸不平，常见的原因主要包括长期的缺乏营养，贫血或者是体内缺乏辛硫蛋白质等微量元素，可以做微量元素检测，可以明确。指甲凹凸不平，还有可能是灰指甲，因为真菌感染可以破坏甲床。
一般情况下，孩子指甲凹凸不平可能与缺乏营养、真菌感染等因素有关。具体内容如下：
1.缺乏营养：如果孩子饮食习惯不良，存在偏食、挑食等现象，则容易造成自身缺乏营养，蛋白质、钙元素等营养物质摄入不足，难以保障指甲的营养供给，从而出现指甲凹凸不平的现象。
2.真菌感染：如果孩子不注意指甲部位的清洁卫生，则接触到外界污染物后容易引发真菌感染，影响指甲组织的正常发育，可导致指甲凹凸不平。
指甲凹凸不平可能与外伤、营养不良、银屑病、特殊行业等因素有关。
1、外伤：指甲局部受到外伤，属于一过性的损伤，可能会出现指甲不平的现象。
2、营养不良：另外如果身体缺乏微量元素以及缺乏必要的营养物质，造成了营业不良，也会导致指甲的凹凸不平。
3、银屑病：银屑病患者会出现指甲凹陷的特征。多由真菌引起的，真菌侵犯指甲部位后，指甲的表面开始感染，形成凹凸不平的改变。
4、特殊行业：特殊行业的人群，指甲长时间接触一些特殊的化学物质，也可能会造成指甲凹凸不平。
指甲表面凹凸不平主要是见于微量元素缺乏，补充钙剂，应该注意日常不要偏食，平时除食用富含动物性蛋白质的肉、蛋、禽类等，宜多进食一些含脂肪、碳水化合物（即淀粉、糖类等）较丰富的食物，还要适当多吃一些豆制品及蔬菜、瓜果等。
指甲凹凸不平，要看是单独某个指甲还是很多指甲都有，单独一个指甲有这种凹凸不平，往往要看是否有反复的机械刺激，比如反复的抠指甲，按压指甲等不良习惯。很多指甲都有凹凸不平现象，提示是有甲营养不良，多数和缺乏微量元素，比如缺钙缺血缺锌有关系。去医院挂皮肤科，查个微量元素。
如果只是指甲表面出现了一些细微的凹凸不平，并没有出现指甲的颜色和形状变化，可能与营养不良有关，建议到医院检查血常规、血清蛋白、电解质等。甲霉菌病是由于指甲的凹凸不平，还伴随着指甲的混浊、增厚，甚至出现了破损和皮屑。甲真菌病即灰指甲，建议到正规医院皮肤科做真菌培养、菌丝检查，如果有必要，可以做病理检查。甲下组织和甲板上的真菌会感染灰指甲。