脑炎患者如果经过积极治疗，短期内不会出现脑萎缩，但是如果不及时治疗，病程较长，很容易损伤脑细胞，长期处于脑萎缩状态。脑炎引起的脑萎缩可以通过中药或者物理疗法来治疗。治疗脑萎缩的原则是早发现早治疗，容易取得较好的疗效，同时要根据病因辨证辨病，营养脑细胞，促进脑组织发育。脑萎缩要及时治疗，避免出现语言障碍，智力低下，行为异常等不良反应。
功能性脑病应该及早的治疗，但治疗不当迟发器质性脑病只能控制发展不能完全恢复。现病理改变是迟发性功能性神经受损后受累神经因缺血而发生临床症，治疗不当易迟发脑萎缩导致痴呆症或发生病灶软化导致癫痫等。
两种疾病是相辅相成的，要再完善解决之后才能更明确。脑积水会导致脑萎缩，但是一定要明确是否是脑萎缩从而间接性影响造成了脑积水，一定要在临床上进行相应的鉴别诊断，差别是相对比较大的。因为脑积水就是颅内压力过高的一种影响，大脑本身又是体积比较固定的容器，就会逐渐压迫大脑组织形成血流的逐渐减少，这个时候就会造成脑部神经萎缩，出现一部分神经的缺血、坏死。但是也一定要明确，有的时候如果原发的疾病是脑萎缩，整个大脑向内部萎缩，从而在外边的形态上也会出现脑积水的表现，要完善检查之后才能更进一步确诊，两种疾病是相辅相成的关系，一定要完善检查之后才能更进一步的明确。注意：应当及时的到医院接受检查治疗，尽量不要拖，以免耽误病症，平时要注意劳逸结合，适当的锻炼身体，不要熬夜。
病理方面其脑萎缩患者的表现多种多样，常见的有神经细胞的脑萎缩、变性，髓鞘的脱失，胶质细胞轻度增生，脑萎缩患者从而出现小脑半球及蚓部、小脑中下脚广泛变性，浦肯野细胞消失。
原因相当复杂，现在还没完全搞清楚。但专家们通过长期临床研究，发现一些常见的导致脑萎缩的原因：比如，先天遗传因素、出生缺氧窒息、长期用脑过度、其他化学药品中毒等原因都可能引起不同程度的脑萎缩。