进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
胃镜检查时，医生右手持镜前段将胃镜放入舌根部，此时病人进行吞咽动作，将胃镜送入食道，而后继续向下送镜子观察胃及十二指肠情况。肠镜是利用一条装有微型摄影机的纤维软管进行检查，其由肛门进入肠道，顺势观察肠腔情况。
早期肛瘘通过直肠肛门指检，可以摸到条索状的一个管道、大部分通过目测和直肠肛门指诊即可检查出来，少部分复杂或难以确诊的，做腔内超声或者是肛周超声或核磁共振进行确诊，通过直肠腔内超声，能够发现直肠肛围的脓肿、管道等。
粪便脓液-粪便脓液检查，检查方法简单，结果直观，肛门指检-肛肠疾病是临床常见的疾患。其中以痔疮、肛周脓肿、肛瘘、直肠良、恶性肿瘤居多。绝大多数的肛肠疾病可通过肛门指检作出初步诊断，而肛门指检又是极为方便的措施。
包括了肛门检查。在全麻下进行，操作者将粗约两公分的肠镜，经过润滑之后，插进肛门。一直要到达回盲部，靠近阑尾的部位。然后缓慢退出，一边退出镜头，一边打气体。利于充分暴露周围组织。如果遇到粪便，需要积极的吸净，有利于观察。当退到乙状结肠，直肠后，还可以观察直肠，肛管以及内痔的情况。