一般颌骨囊肿都会做外科手术，具体要看具体的部位和体积。
有的部位的囊肿不需要做外科手术，例如某些位于根尖的微小囊肿，一般都可以通过牙科的方法来彻底治愈。另外，也会出现在骨骼的中心，也会出现在下颌升支的部位，囊肿很大，一般情况下，可以采用的是打开的方式来处理，就是通过对囊肿进行开窗减压，使囊肿变成一个袋子，逐渐的收缩，拉张成骨，等体积变小，再做外科手术，这样的损伤相对来说是很轻的。
颌骨囊肿是指在颌骨内出现一含有液体的囊性肿物，逐步增大、颌骨膨胀破坏，据其发病原因可分为牙源性及非牙源性两大类。早期无自觉症状，继续生长可出现面部畸形、牙齿松动、移位倾斜。危害是颌骨囊肿不及时治疗可造成面部畸形，严重者还可出现骨质破坏。
通常颌骨囊肿可不以自愈。
颌骨囊肿可能不会出现明显的临床表现，也不需要特别的处理，只要坚持做好常规的检查和观察就可以了。但是部分患者患有下颌骨囊肿后，会出现面部肿胀、面部畸形、牙齿位移等情况，伴随局部有疼痛不适，要及时进行外科治疗。术后要注意伤口的干净，同时要及时更换药物，并尽量不要接触到水分，伴有感染时可遵医嘱用药治疗。
下颌骨囊肿本身也有好多种类型，比较常见的类型正常是由多生牙、智齿或者根尖周炎引起的。多生牙和智齿引起下颌骨囊肿的原因基本相似，都是牙齿不能够完全萌出，从而使牙齿周围的牙囊进一步膨胀形成局部囊肿，其间会有牙齿称之为含牙囊肿，囊肿正常上颌较为多见，下颌也有时会有发生。
囊肿出现进行性的增大，而且出现了骨质破坏而的现象，出现了炎症，甚至引起了病理性骨折，就需要手术治疗，需要专业的医院里做颌骨囊肿的病灶清除加植骨的手术。颌骨囊肿，因为是一种良性的病变，所以只要不压迫神经，不引起病理性的骨折，不对周围重要的组织压迫，不出现炎症，一般是可以不处理的。