非淋菌性尿道炎通常是好治疗的。
治疗非淋菌性尿道炎可采用抗生素药物和消炎抗感染等药物治疗，还可多吃有清热利尿作用的食品来协助治疗，从而达到根治的效果。非淋菌性尿道炎病人在治疗过程中，要注意尿道口干净、卫生，要天天用温水冲洗，不要久坐不动，同时还要保持良好的生活规律才能快速康复。
非淋菌性尿道炎吃清热利湿的中药。
对于非淋球菌性尿道炎，可以服用清热利湿的中药，比如服用三金片等，但对于非连杆菌性尿道炎，单纯用中药并不能彻底根治，可以服用四环素类或者大环内酯类抗生素。平时患者还需要注意个人卫生，避免发生性生活，以免导致交叉感染。
如果尿道有分泌物，并且已经被诊断为细菌性阴道炎，可以通过静脉注射抗生素来治疗感染。治疗期约为7-10天。同时，外用药物也可以用来冲洗局部区域。其次，应注意当地卫生，经常更换内衣，并将内衣暴露在阳光下。
非淋球菌性尿道炎是由衣原体、支原体等淋球菌以外的其它病原体所引起的尿道急慢性炎症，因此在治疗上主要是使用抗菌药物。
由于这种尿道炎可以通过性接触传播，因此在治疗期间要采取防护措施，避免交叉感染。
临床上治疗非淋菌性尿道炎的药物有三大类，其中以大环内酯类使用最为广泛，常用的有阿奇霉素片、红霉素肠溶片等。此外，盐酸环丙沙星片、氧氟沙星胶囊等喹诺酮类药物，也可以用于非淋菌性尿道炎的治疗。
非淋菌性尿道炎吃四环素类、大环内酯类等药物。
四环素类药物有多西环素、二甲胺四环素等，属于广谱抗生素。其中多西环素口服后吸收全面且迅速，但可能会引起恶心、呕吐、腹泻以及上腹不适等不良反。大环内酯类药物包括红霉素、阿奇霉素、罗红霉素等，抗菌谱广。
男性非淋菌性尿道炎吃抗生素类药。
非淋菌性尿道炎是病原体感染了尿道而导致的一种炎症，男性如果出现了非淋菌性尿道炎，可以遵义紫服用大环内酯类抗生素、喹诺酮类抗生素等。因为治疗尿道炎的关键在于消除病原菌，一般采用抗生素会有一定的效果。如果不及时治疗，会造成尿道狭窄，从而造成排尿困难。