一般来说，包皮上长的水泡主要原因有生殖器疱疹以及包皮龟头炎，需要根据实际情况进行消除。具体分析如下：
生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染引起，可以引起包皮水泡，患者可以在医生的指导下使用阿昔洛韦乳膏进行治疗，可以出现消除。包皮龟头炎一般与包皮过长、局部卫生差等因素有关，患者可以在医生的指导下使用碘伏清洗包皮及龟头，然后在医生的指导下口服头孢类抗生素，感染控制后水泡可消失。
此外，如果症状严重应该及时前往医院就诊治疗，以免耽误病情。
包皮长水泡，伴随疼痛，有可能是细菌感染导致的炎症，或者是病毒感染引起的疱疹，可以去医院做一些相关的检查，明确病因之后，及时对症治疗。平时要注意不要有不洁的性行为。
包皮瘙痒一般见于包皮炎，湿疹，过敏等状况导致。如不及时治疗病情加重会引起其他炎症，要去当地正规专业医院进行检查并及时治疗。平时注意生活卫生，忌吃辛辣食物、暂停性生活、勤换洗内裤。
有珍珠疹等病患的可能，珍珠疹的病因尚不明确，无明显症状，也不具有传染性，可以到医院就诊检查以明确诊断，如诊断为珍珠疹可无需特殊治疗，保持清洁卫生即可，也可考虑进行激光治疗，如有包皮过长，可进行包皮环切手术治疗。
患有水泡瘙痒应该用温水洗手和洗脚，浸泡在水中，清洗后必须用毛巾将双手擦拭干净。多吃一些青菜和水果，不要吃生冷辛辣的食物，低脂低钠饮食，三餐要规律，放松心情，规律睡眠，尽量不要熬夜，注意局部卫生。
生殖器上长水泡可能是龟头炎和生殖器疱疹引起的，在疱疹早期发病的时候，患处会有一些红斑、丘疹、水泡，数个或更多个，继可成为脓疱、糜烂或溃疡。伴有瘙痒或疼痛。至少持续l周-2周后，损害结痴、愈合。一般3周-4周皮损消退，但可发生新的损害。不管是龟头炎还是生殖器疱疹都应及时去当地正规医院选择科学的方法及时治疗，以免病情恶化。平时也多应该注意局部卫生，勤洗澡勤换衣，不抽烟、不酗酒、养成良好的生活习惯。