中医治疗肾囊肿的方法主要以微化中药渗透疗法，使囊内液体不断减少，直至不分泌。还可以采用囊肿去顶减压手术治疗，手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，延缓疾病的发展。生活中注意不吃过咸，过辣，刺激的食物。
肾囊肿的中医治疗方法有采用药物的方法治疗肾囊肿，还经常运用针刺的方法。采用具有清热解毒，活血效果的药物，每次3～4穴，依据证之虚实而采用补泻手法，留针20～30分钟，或用灸法，2组穴位交替进行。
中医活性物质治疗肾囊肿的关键是，阻断因受囊肿压迫而启动的肾脏纤维化的恶化链，阻断因压迫而导致肾脏缺氧，肾脏损伤的恶性循环，以确保残存肾脏不再受压迫，保护肾功能。
采用中医进行治疗，效果是比较好的。中医治疗能从根本在于改变囊壁的血液循环和通透性，使囊内液不断被组织吸收，不断减少，并使其不再分泌。这样，随着囊内液压力下降，囊肿体积不断缩小，使囊肿生长不再活跃，从而完全解除囊肿对周围肾脏正常组织的压迫及后顾之忧，使肾功能逐渐恢复，症状彻底缓解。
中药治疗没有效果。肾囊肿主要是由于先天发育形成的良性肿瘤，对身体不会造成不良影响，如果直径不超过五公分，也没有腰酸腰痛等不适症状的话，一般不需要特殊治疗，注意休息，避免劳累，定期复查，如果生长速度快，直径超过五公分或出现腰酸腰痛等压迫症状的话，可以考虑手术切除。