阿立哌唑片长期用有副作用，因肾上腺素受体的作用可以导致病人出现眩晕、镇静及直立性低血压，其在纹状体部分激活D2受体而导致出现静坐不能等运动性不良作用、恶心、呕吐，阿立哌唑还有体重增加、血脂异常、糖尿病、便秘、头痛、迟发性运动障碍、恶性综合征、癫痫等的副作用。
长期服用的后果会直接影响肝、肾、脑等功能。而且氯氮平片的副作用是，镇静作用强和抗胆碱能不良反应较多，常见有头晕、无力、嗜睡、多汗、流涎、恶心、呕吐、口干、便秘、体位性低血压、心动过速。
奥氮平主要用于治疗一些中度和重度的躁狂发作者，对于奥氮平治疗有效的躁狂发作的患者，奥氮平还可以预防双向情感障碍的复发。阿立哌唑片也是主要适用于精神分裂症的患者。
目前所有的抗精神病药物都是针对精神症状的对症治疗，而不能彻底去除病因。所以，不管是老药还是新药，在病情得到控制之后，都必须在医生指导下逐渐减少用药剂量，而不能完全停药。
氯氮平治疗精神分裂症疗效可靠，且价格便宜。但本药副作用大，长期大量使用氯氮平会导致血液成分的异常，损伤肝脏肾脏或引发糖尿病、体重增加等。一般不提倡将本药用作治疗精分的首选药物。建议用药期间定期查心电图、血常规、肝肾功能和空腹血糖。
停药后病人一个星期就可减轻或者清除副作用，需多喝水、多运动，通过尿液、汗液、新陈代谢等方式排出残余药量，具体要看病人个人体质。阿立哌唑片与其它具有抗精神分裂症的药物一样，阿立哌唑的作用机制尚不清楚，对但对治疗精神分裂症有一定的疗效。
