术后出血、肾脏集合系统穿孔和撕裂伤、水电解质紊乱、周围脏器损伤，感染、尿性囊肿形成、伤口不愈合等。患者应限制蛋白质、尤其动物蛋白质和食盐的摄入量，给予低脂、低糖饮食，忌酒，预防结石复发。避免剧烈运动，不要突然下蹲弯腰，防止尿液反流，刺激、损伤输尿管或双“J”管脱落。
术后护理主要措施为：各种管道的护理及生活饮食的护理，生活饮食的护理包括术后清淡饮食，及辅助病人起身、翻身活动，避免自行腰部用力，以免引起肾区出血。管道护理班有专业的外科护士来完成护理，家属只需要辅助护士完成各种管道引流量的记录，并在病人活动、翻身时妥善安置各种管路。
术后恢复良好三周就可以了，一般需要休息两周左右是比较保险的。要一个月以后要去复诊一次，看一下到底恢复的怎么样。术后三个月、半年、一年需要到门诊接受x线或超声、ct检查，有无结石的复发，因为结石疾病是比较容易复发的，所以五年的时间就要随访。
经皮肾镜碎石取石术是一种微创手术方法，一般是用来治疗肾脏结石，这个手术方式需要在腰部打一个洞，然后找到相应肾盏，然后穿刺扩张，将肾镜伸入到肾脏里面，找到目标结石，用钬激光或者是EMS将结石击碎，然后冲洗出来。
经皮肾镜手术首先需要应用穿刺针，经过皮肤向肾脏内进行穿刺建立通道，然后用扩张鞘将通道扩开，把肾镜通过通道置入到肾盂内，将钬激光的光线通过镜子插入肾盂内，用激光的能量将结石打碎，冲出体外，术后可以留置引流管、输尿管双J管有助于术后的恢复。
微创经皮肾镜取石术俗称“打洞取石”，即通过患者腰部开0.5cm左右的切口，建立取石通道，置入肾镜，通过超声气压弹道碎石机或钬激光碎石机将肾内结石，特别是铸型结石、输尿管上段结石击碎后再取出结石，经皮肾镜技术是泌尿外科手术的一个重要部分，在治疗上肾结石及输尿管上端结石方面，与输尿管镜技术及体外冲击波碎石共同成为现代主要的治疗方法，已彻底改变了传统开放手术的外科治疗方式。