沙眼衣原体感染主要通过药物进行治疗。
衣原体是介于细菌与病毒之间的微生物，可感染眼、鼻咽部、子宫颈、尿道黏膜等部位。感染后常见病包括沙眼、结膜炎、泌尿生殖道感染等，衣原体对阿奇霉素、多西环素、四环素或红霉素比较敏感。但是用药剂量需要根据患者具体情况而定，并遵医嘱服用药物。
沙眼衣原体抗原检测阳性，需要口服抗生素治疗，应该保证足疗程，抗生素药物在治疗生殖器衣原体感染的治疗率可以达到90%以上。衣原体还没有出现在抗生素耐药性，所以病人在治疗时不必担心耐药的问题，多参加体育锻炼，提高自身免疫力，注意在患病期间不要同房以免交叉感染。
沙眼，一般的起病比较缓慢，所以临床症状的轻重不等，早期的时候可能没有自觉症状，只是觉得有轻微的异物感，以为自己尘沙进入眼睛后引起的不舒服。沙眼在小孩子当中是最常见的，是一种传染性眼疾，可导致眼部不适，严重的还可导致视力受影响，治疗不及时危害是十分大的，因此对于小孩沙眼的症状家长要注意了解，以便能及时发现病情，及时进行治疗，避免带来危重影响。
沙眼衣原体的临床表现主要有两种：一是局部给药，二是系统给药。
可以选择的还有司帕沙星、罗红霉素、克拉霉素、氧氟沙星、左氧氟沙星、四环素等。需要根据病情、药物敏感试验来选用药物。病人和他们的性伙伴应该在他们的治疗结束以前避免性行为，以免交叉感染。
沙眼衣原体阳性说明已经受到沙眼衣原体感染。
感染后会出现沙眼、包涵体性结膜炎、泌尿系统感染、各种妇科炎症等。沙眼是最容易导致的病症，主要见于青春期，在急性期会出现眼睛红痛、异物感、粘液脓性分泌物等症状，长期则会出现疤痕，甚至是角膜上的血管翳。男性患者主要是男性生殖系统的沙眼衣原体，如果是女性，可能会出现化脓性宫颈炎、阴道炎、尿道炎、逆向感染导致的急性输卵管炎、盆腔炎等疾病。虽然沙眼衣原体会导致很多的病症，不过只要经过正规的药物调理，还是能够完全康复的。
男性沙眼衣原体阳性不适特别严重。
一般情况下只要经过合理的药物治疗，一般都会有所好转和康复。比如口服克拉霉素、阿奇霉素、多西环素等，可以在医师的建议下进行治疗，但要严格按照医嘱使用。如果是有过性行为的人，应该夫妻双方一起进行治疗，因为这种情况下，可以通过性行为传播。