肛周脓肿肯定会出现疼痛，且为持续性的胀痛，然后进行性加重。肛周脓肿的临床表现为肛门周围出现包块，包块有时候会发红，病人会感到肛门部位坠胀、疼痛明显。甚至无法长期处于坐位，只能斜靠，不能躺，只能趴，这种疼痛非常难受，所以可严重影响睡眠，只有经手术治疗才能够缓解疼痛的症状。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。
常见的肛门周围皮肤下是有很多脓肿的，大多数都是因为肛腺被细菌感染后经外括约肌皮下部向外或直接向外扩散而成的，婴儿的肛门周围脓肿经常位于肛门周围皮肤下部，脓肿一般大小不是很大。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。
肛周脓肿考虑是炎症感染引起的情况，局部症状有会阴部沉重下坠感，有里急后重感，排便时加重，下腹部压痛，由于此脓肿部位较深，不易穿破肛提肌，破溃时间较长，大便困难是其特征。不要吃得太干、太饱。
最浅的部位是皮下脓肿，而最深的部位是括约肌间脓肿，坐骨直肠窝脓肿，如果位置较高，是盆腔直肠间隙脓肿。也有直肠粘膜下脓肿，如果是这样的脓肿，肛门周围的皮肤看不到任何变化，需要明确原因后再进行下一步治疗，及早去医院就诊。